至正十六年，朱元璋火力全開大破蠻子海牙于采石，三月進(jìn)攻集慶，活捉陳兆先，降其眾三萬六千人。
為了徹底收服眾降將，元璋從這三萬六千人中挑選了五百壯士加入自己的護(hù)衛(wèi)親軍。
之后，又擊敗元兵于蔣山。集慶統(tǒng)帥御史大夫福壽戰(zhàn)死，蠻子海牙逃跑，歸附張士誠。元軍水師將領(lǐng)康茂才投降。
元璋入城，召集官吏父老訓(xùn)話：元廷政治腐敗，干戈四起。大軍此來為民除亂，萬望諸位安于職守。賢士吾以禮相待，元廷舊政有不適者，一律改之，官吏職位俸祿照舊，不許貪贓枉法，禍害百姓。（地方基層官員全部留任）
元璋改集慶路為應(yīng)天府，征召夏煜、孫炎、楊憲等十余人，葬御史大夫福壽以表彰其忠。
此時(shí)，元將定定扼守鎮(zhèn)江，別不華、楊仲英屯扎兵寧國，青軍張明鑒占據(jù)揚(yáng)州，八思爾不花駐守徽州，石抹宜孫守處州，其弟厚孫守婺州，宋伯顏不花守衢州。
此時(shí)倪文俊也在大殺四方：攻常德路，總兵官俺都剌遁。又占澧州路。再下池州，卜顏帖木兒收復(fù)池州，再攻池州，卜顏帖木兒卒。攻衡州路，元帥甄崇福戰(zhàn)死。攻岳州路，殺威順王子歹帖木兒。
而張士誠攻占平江后，想拿下杭州。駐守杭州的江浙行省丞相達(dá)識帖睦邇求救于駐守嘉興的楊完者，并許以高官。
張士誠派張士德率兵數(shù)萬人攻取杭州，達(dá)識帖睦邇棄城逃走，并傳令楊完者奪回杭州城。張、楊大戰(zhàn)于杭州，經(jīng)數(shù)日激戰(zhàn)，“士德大潰，收拾殘兵，十喪八九”。
杭州被奪回，張士誠派張士信、史文炳率水兵數(shù)萬，沿運(yùn)河北上，兵臨嘉興城。楊完者將張士誠所部誘至峽谷，苗軍埋伏于兩岸，把備好的火把投入敵船，風(fēng)助火勢，苗軍趁機(jī)出動(dòng)，。“斬首七千，俘虜數(shù)千，張士信以伏水遁還”。
苗軍威震東南，擴(kuò)軍二十萬。元廷升楊完者為江浙行省右丞、驃騎將軍。楊完者以功自驕，求娶慶童閨女。慶童不許，但苗軍勢張，達(dá)識帖睦邇強(qiáng)為主婚，慶童不得已，被逼嫁女。
趁張士誠在杭州與元軍死磕，徐達(dá)進(jìn)取鎮(zhèn)江，鄧愈攻克廣德。元璋自領(lǐng)吳國公，設(shè)江南行中書省，自領(lǐng)省事。以李善長為參議官，郭景祥、陶安為郎中，各分房掌事。置前、后、左、右、中翼元帥府。
又讓楊憲送文書給張士誠，張士誠很氣，扣下楊憲，帶兵進(jìn)攻鎮(zhèn)江。徐達(dá)率兵將其擊敗，包圍常州（此時(shí)是張士誠地盤），元璋到鎮(zhèn)江，拜謁夫子廟。派儒士告知父老，勤于農(nóng)桑。
張士德馳援常州，徐達(dá)伏兵破之，俘虜張士德。
士誠以糧二十萬石、金五百兩、銀三百斤和楊憲換張士德。元璋數(shù)其挑釁之罪，索糧五十萬石。士誠不與。徐達(dá)攻克常州。
張士誠無奈，讓蠻子海牙與周仁持書，投降達(dá)識帖睦邇。達(dá)識帖睦邇乃拜士誠太尉，士信樞密同知，然士誠自擅土地，城池府庫甲兵錢谷皆自據(jù)如故。