1861年12月2日，改年號(hào)“同治”，兩宮太后御養(yǎng)心殿，垂簾聽(tīng)政。執(zhí)政初期，她在議政王奕訢的輔佐下，整飭吏治，重用漢臣，依靠曾國(guó)藩、左宗棠、李鴻章等漢族地主武裝；又在列強(qiáng)支持下，先后鎮(zhèn)壓了太平天國(guó)、捻軍、苗民、回民起義，緩解了清王朝的統(tǒng)治危機(jī)，使清王朝得到暫時(shí)穩(wěn)定。出于維護(hù)封建專制統(tǒng)治，她又重用洋務(wù)派，以“自強(qiáng)”和“求富”的方針，發(fā)展一些軍用，民用工業(yè)，訓(xùn)練海軍和陸軍以加強(qiáng)政權(quán)實(shí)力?？陀^上對(duì)中國(guó)的近代化起到了一定積極作用。這一時(shí)期，國(guó)內(nèi)起義被平定，兩次鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)暫時(shí)滿足了列強(qiáng)的貪欲，外交上沒(méi)有吃大虧，洋務(wù)運(yùn)動(dòng)后清王朝的軍事實(shí)力有所提高，工商業(yè)有了初步發(fā)展，被稱為“同治中興”。
同治十一年（1872年），載淳已17歲，慈禧不得已為他選后，次年，兩宮太后卷簾歸政。但同治帝親政后仍難擺脫慈禧的干預(yù)。慈禧為了享樂(lè)，授意同治帝修繕圓明園以供其居住，同治帝也想趁此機(jī)會(huì)讓太后離宮居住以擺脫慈禧干預(yù)朝政，然而當(dāng)時(shí)財(cái)政緊缺，圓明園又殘毀嚴(yán)重，修復(fù)耗資甚巨，同治帝堅(jiān)持開(kāi)工，引起奕訢等王公大臣多人反對(duì)，同治帝竟將他們?nèi)扛锫?。慈禧出面制止了同治帝這一決定。
1875年1月，同治帝病逝。慈禧立她的侄子（丈夫的侄子）兼外甥4歲的愛(ài)新覺(jué)羅·載湉為帝，改年號(hào)為“光緒”，兩宮太后再次垂簾聽(tīng)政。
1865年—1870年，中亞浩罕汗國(guó)侵略者阿古柏侵入并且竊據(jù)了新疆大部分地區(qū)；1871年，沙俄出兵占領(lǐng)伊犁地區(qū)。1875年，慈禧采納陜甘總督左宗棠的建議，出兵新疆，清軍于1878年1月收復(fù)新疆；1881年，中俄通過(guò)談判，中國(guó)收回伊犁大部分地區(qū)。[7]
1881年4月8日慈安太后暴崩，卒年45歲，官方說(shuō)法為腦溢血，民間野史認(rèn)為是慈禧所害。
1883年—1885年，中法戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，雙方在軍事上互有勝負(fù)，但以慈禧為首的清政府卻主張“乘勝即收”，與法國(guó)簽定了《中法新約》，又使法國(guó)獲得了不少侵略利益。[8]
1884年4月8日，慈禧發(fā)動(dòng)甲申易樞朝局之變，將以恭親王奕訢為首的軍機(jī)處大臣全班罷免，開(kāi)始西宮獨(dú)裁。
1889年2月，光緒大婚，名義上由光緒帝親政，慈禧又訓(xùn)政了數(shù)年。在訓(xùn)政結(jié)束后，朝內(nèi)一切用人行政，仍出其手，“上（光緒帝）事太后謹(jǐn)，朝廷大政，必請(qǐng)命乃行?！?p> 1894年，醇親王借慈禧六十壽辰擬“在頤和園受賀，仿康熙、乾隆年間成例，自大內(nèi)至園，路所經(jīng)，設(shè)彩棚經(jīng)壇，舉行慶典”。挪海軍經(jīng)費(fèi)，繕修頤和園，布置點(diǎn)景，廣收貢獻(xiàn)。
是年，適逢日本發(fā)動(dòng)中日甲午戰(zhàn)爭(zhēng)。光緒主戰(zhàn)，慈禧亦主戰(zhàn)，“不準(zhǔn)有示弱語(yǔ)”。但是，當(dāng)有人提出停止頤和園工程，停辦景點(diǎn)，移作軍費(fèi)的時(shí)候，慈禧卻大發(fā)雷霆，說(shuō)出了“今日令吾不歡者，吾亦將令彼終生不歡”之語(yǔ)。后來(lái)，清軍在朝鮮戰(zhàn)場(chǎng)上接連失利，北洋水師在黃海之戰(zhàn)中又遭受嚴(yán)重挫折。為了不影響自己的六旬慶典，慈禧希望外國(guó)出面干涉，盡快結(jié)束戰(zhàn)爭(zhēng)。她支持李鴻章避戰(zhàn)求和的方針，以各種借口，打擊以光緒為首的主戰(zhàn)派。
由于形勢(shì)日益緊張，面對(duì)朝野上下的重重壓力，她無(wú)法再一意孤行，大擺排場(chǎng)，不得不改變?cè)瓉?lái)的計(jì)劃，縮減了生日慶典的規(guī)模。在金州、大連相繼陷落，旅順萬(wàn)分危急的情況下，慈禧在紫禁城內(nèi)的寧壽宮度過(guò)了她的60歲生日。
次年2月7日，威海衛(wèi)日艦及炮臺(tái)夾攻劉公島，北洋水師全軍覆沒(méi)。