六院之吏院
長官為吏院尚書，吏院掌管全國官吏的任免、考課、升降、調(diào)動等事務。司的長官為郎中，副長官為員外郎，其屬官有主事，令史，書令史等。
下設四司：清吏司、驗封司、稽勛司和考功司。
清吏司：掌考文職之品級及開列、考授、揀選、升調(diào)、辦理月選。
驗封司：掌封爵、世職、恩蔭、難蔭、請封、捐封等事務。
稽勛司：掌文職官員守制、終養(yǎng)、辦理官員之出繼、入籍、復名復姓等事。
考功司：掌文職官之處分及議敘，辦理京察、大計
六院之禮院
長官為禮院尚書?？技⒓?、軍、賓、兇五禮之用；管理全國學校事務及科舉考試及藩屬和外國之往來事。司的長官為郎中，副長官為員外郎，其屬官有主事，令史，書令史等。
下設四司：儀制司、祠祭司、主客司、精膳司。
儀制司：掌嘉禮、軍禮及管理學務、科舉考試事。
祠祭司：掌吉禮、兇禮事務。
主客司：掌賓禮及接待外賓事務。
精膳司：掌筵饗廩餼牲牢事務。
六院之戶院
長官為戶院尚書，為掌管戶籍財經(jīng)的機關，掌全國疆土、田地、戶籍、賦稅、俸餉及一切財政事宜。其內(nèi)部辦理政務按地區(qū)分工而設司。各司除掌核本省錢糧外，亦兼管其他衙門的部分庶務，職責多有交叉。
下設四司：土地司、戶稅司、倉儲司、俸餉司。
土地司：掌土地清算、疆域核算、移民墾荒等事物。
戶稅司：掌戶籍、賦稅、安置流民等事物。
倉儲司：掌捐納、飯銀、內(nèi)倉屯種等事物。
俸餉司：掌軍需、俸祿、糧餉、撫恤救濟等事物。
六院之刑院
長官為刑院尚書。審定各種法律，復核各地送院的刑名案件，以及直接審理京畿地區(qū)的待罪以上案件。司的長官為郎中，副長官為員外郎，其屬官有主事，令史，書令史等。
下設四司：督捕司、刑獄司、稽查司、封駁司。
督捕司：掌捉捕、緝拿、犯官押解、刑事偵查等事物。
刑獄司：掌收押、獄卒、刑令起草審查、贖罪歲銀、贓款追繳等事物。
稽查司：掌文武百官稽查、貪贓枉法、徇私舞弊、奸貪污績等事物。
封駁司：掌會審、翻案、重大刑事案件復核、封駁、秋審等事物。
六院之兵院
長官為兵院尚書，掌管選用武官及兵籍、軍械、軍令等。司的長官為郎中，副長官為員外郎，其屬官有主事，令史，書令史等。
下設四司：武選司、禮兵司、軍馬司、護軍司。
武選司：掌考武職之品級及開列、考授、升調(diào)武舉科考等事物。
禮兵司：掌閱兵、護衛(wèi)、扈從、宿衛(wèi)等事物。
軍馬司：總令全國軍馬、兵丁、兵權調(diào)動等事物。下轄各屬地有獨立軍馬司。
護軍司：掌守衛(wèi)紫禁城、宿衛(wèi)扈從、親軍等事物。
六院之工院
長官為工院尚書，主繕修、功作、鹽池、園苑、工程，水部、航政及水利等事物。司的長官為郎中，副長官為員外郎，其屬官有主事，令史，書令史等。
下設四司：軍械司、水利司、車馬司、土木司。
軍械司：掌軍械、弓槍刀叉等一系列軍械制造等事物。
水利司：掌河道疏通、船舶建造、碼頭漕運、等事物。
車馬司：掌隘路運輸、車鸞馬駕、機械器物制造等事物。
土木司：掌破土動工、寺廟宗祠、皇陵偏殿、衙署倉儲制造等事物。