清軍一日之內(nèi)連破武昌城外大半天險，當(dāng)天就引發(fā)武昌一次小規(guī)模的潰逃，因此被殺的有數(shù)十人。但靠殺人維持秩序是指標(biāo)不治本的，慌亂的情緒依舊在城內(nèi)漫延，隨時可能引發(fā)一次大的崩潰。
是日夜，曾國藩命數(shù)十艘小劃船采取“麻雀戰(zhàn)”，折磨了太平軍一夜，雖然僅炸毀太平軍戰(zhàn)船十余艘，但是成功的使太平軍將士在恐慌的同時又變得無比疲憊。
第二天凌晨，昨日憑借著堅船利炮的優(yōu)勢出盡風(fēng)頭的湘軍水師在吃跑喝足之后。前隊水師：李孟群督率先行沖進(jìn)鲇魚套消滅在該處殘余太平軍艦隊后，沿江西下進(jìn)攻太平軍漢陽朝宗門營地。后隊水師楊載福、蕭捷三等人督率水軍襲擊塘角太平軍營地，其中后隊何越埏營協(xié)助前隊進(jìn)攻漢口。
雖然太平軍在清軍水師沖過來都積極開炮應(yīng)敵，但畢竟實力懸殊太大。江中對抗的太平軍艦隊，剛一照面被打沉三艘，頓時氣勢盡失，開始邊打邊退。但無奈的是太平軍艦隊船速還沒清軍的快。這就很陷入很尷尬的境地。“想打又打不過，想跑跑不了，”
最后只能無奈的一艘一艘的被追擊最猛的楊載福將原本準(zhǔn)備轉(zhuǎn)移的物資運輸船盡數(shù)焚毀。等到楊載福準(zhǔn)備回航的時候，見其身后江心附近被焚毀的三百艘戰(zhàn)艦火勢正旺不易通行，最后楊載福率艦隊只能靠岸回航。
楊載福駛至漢口江面后隨即參與到李孟群等人進(jìn)攻漢口的戰(zhàn)斗之中，開始憑借漢口地勢太平軍在木柵內(nèi)拼命拒守，正在相持不下之時。北岸清軍陸軍魁玉、楊昌泗沿江而下從陸路進(jìn)攻漢口。
清軍水陸合攻之下，未幾便將漢口太平軍筑于晴川閣、大別山的兩處木城接連焚毀。
在水師大戰(zhàn)不久，東岸清軍陸師在攻克花園三處營地今日兵分兩路進(jìn)攻鲇魚套太平軍近湖處營地、傍江口街營地。太平軍從陸軍集結(jié)兵力從中路迎敵。是時，清軍四川義勇、湖南親勇、新田勇見太平軍士氣強潰退，好在李續(xù)賓帶湘軍及時回援破滅了危機。使得當(dāng)日東岸仍按計劃焚毀太平軍該兩處營地。
清軍連續(xù)兩日大戰(zhàn)將武昌城外河內(nèi)的太平軍艦隊盡數(shù)焚毀，岸上在險要之地所筑的營地亦盡數(shù)焚毀，至此武昌城和漢陽城像是被脫光了鎧甲的孤城。
曾國藩見此情況斷言“太平軍萬無可守之理，不日當(dāng)棄城而逃?！惫黄淙?，第二天湘軍水陸大軍進(jìn)攻武昌、漢陽幾乎沒遇到什么抵抗就攻入城中。
進(jìn)城后詢問俘虜?shù)弥杰婈戃娭髁σ呀?jīng)在昨晚四更盡數(shù)跑路。
由于太平軍陸軍跑路時沒給水軍說一聲，導(dǎo)致在清軍攻克武昌、漢陽后搜索湖面時，將還被蒙在鼓里的停泊于蔡店、系馬口、長江埠、侏儒山等處的千艘太平軍戰(zhàn)艦全部被清軍擊毀。