一三七一年，大俠蕭鴻萬(wàn)率領(lǐng)民間義士助朱元璋滅元，建立大明王朝后，又受其委托，前往漠北暗殺北元第一名將王保保。事成，蕭鴻萬(wàn)卻為掩護(hù)大家，受埋伏而死。眾人冒生命危險(xiǎn)搶到其尸身，帶回中原與一處僻靜祥和的桃源小村安葬。蕭妻丁還鳳怨眾人只顧自己逃跑，未救得其夫性命，懷恨在心。彼時(shí)，蕭鴻萬(wàn)長(zhǎng)子蕭天放正隨丐幫長(zhǎng)老習(xí)武，周游各地。丁還鳳便帶著九歲的次子蕭天晴拜訪故人——萬(wàn)蘇山莊莊主蕭千秋。蕭昔日對(duì)丁一見(jiàn)鐘情，念念不忘至今，且多年未娶。為使蕭千秋將對(duì)其的關(guān)愛(ài)之心轉(zhuǎn)移到次子身上，外柔內(nèi)剛的丁還鳳將天晴鄭重托付給他后，自絕于蕭家門前，以身殉夫。
俠士們回來(lái)后，朱元璋欲論功行賞，謀士劉基卻與大家作了一次徹夜長(zhǎng)談，指出朱元璋此人只能共苦，不可同甘。次日，眾人向朱元璋表明希望回歸民間，過(guò)閑云野鶴的自由生活。一同請(qǐng)辭的，還有當(dāng)年滅大元，遠(yuǎn)征漠北的名將郭伽。朱元璋佯允他們?cè)诖竺鹘辽先我庾邉?dòng)，暗中卻寫下密詔，待政局徹底穩(wěn)定后，暗中組織秘密機(jī)構(gòu)將江湖勢(shì)力一網(wǎng)打盡，以保大明太平。
一晃，已經(jīng)十七年過(guò)去，雪山圣域第一高手綠涯因修煉邪門武功《血海魔刀》被逐出師門，從此脫離雪山圣域，自稱魔刀老祖。此年冬天，華山玉女峰比劍大會(huì)上誕生了六大當(dāng)世高手，人稱六圣。除了追求至邪境界的魔刀老祖綠涯和亦正亦邪、玩世不恭的暗器高手黑白子外，其余四人皆隨蕭鴻萬(wàn)遠(yuǎn)赴漠北暗殺過(guò)名將王保保，彼此情同手足。九宮劍客出自九宮山，內(nèi)功劍術(shù)天下第一。神僧玄鑒一人獨(dú)習(xí)少林七十二絕技中的二十二技，是少林百年難得一見(jiàn)的武學(xué)奇才。名將郭伽精通兵法布陣，更曾得高人指點(diǎn)精妙無(wú)雙的點(diǎn)穴功。而出身武林名門的世家高手林天南則憑著天下第四的武功和無(wú)可比擬的領(lǐng)導(dǎo)才華被眾人推舉為武林盟主。
兩年后，自成一脈體系的外域武林前來(lái)中原挑釁，六圣率領(lǐng)中原高手重挫外域武林的銳氣，使其大敗而歸，六圣聯(lián)手抗擊外域武林，也成為江湖上一段津津樂(lè)道的佳話。
只可惜，這是他們第一次，也是最后一次的聯(lián)手。不久之后，魔刀老祖綠涯邪功登頂，成魔，憑借手中的百夜魔刀橫行江湖，濫殺無(wú)辜，每日以百人之血喂刀，成為武林公敵。玄鑒神僧與綠涯曾有一戰(zhàn)，因玄鑒心懷度化仁念，以一招惜敗，從此江湖上更是聞魔刀老祖而色變。直到事隔一年，九宮劍客重出江湖，與魔刀老祖在紫禁之巔對(duì)決三天三夜，使出江湖上失傳已久的絕學(xué)秘笈——《九陰真經(jīng)》中的武功，將魔刀老祖打敗，百夜魔刀亦隨之損毀。魔刀老祖似有所悟，棄刀而去，半年后逝與大漠。
六圣只剩下五人，黑白子性情偏頗，行跡古怪，不屑于正邪兩道。自與西域大輪寺火工頭陀比武勝利后便不知所蹤。九宮劍客此戰(zhàn)之后，自封九宮老人，歸隱九宮山。無(wú)數(shù)江湖中人前來(lái)尋訪，奈何九宮山千峰險(xiǎn)峻，萬(wàn)壑竟幽，眾人竟是尋他不得。昔日的郭伽將軍則以神機(jī)老人自詡，隱居蓬萊鉆研奇門遁甲、五行八卦。不久之后，玄鑒神僧因癡迷藏經(jīng)閣武學(xué)而耽誤救人，愧疚之下自逐少林，遠(yuǎn)走他鄉(xiāng)。六圣中，只有林天南仍然是武林的領(lǐng)袖。
不過(guò)那年，武林中又誕生了新的門派——君子堂。名動(dòng)天下的萬(wàn)蘇山莊“別情公子”蕭別情，馭船入太湖賞月，偶遇綠衣小筑“玉筆先生”石硯冰，兩人一見(jiàn)如故，成為摯友，并決定建立君子堂，用來(lái)結(jié)交與他們一樣滿腹才情且精通樂(lè)律舞技之人，同時(shí)將他們所悟武學(xué)傾囊傳授。蕭別情正是當(dāng)年的蕭天晴，只因養(yǎng)父與生父同姓而不為江湖人所知。此事，就連其親生兄長(zhǎng)，已經(jīng)成為丐幫幫主的蕭天放亦蒙在鼓里。蕭別情自知其兄受丐幫大恩，未免使天放為難，便決意此生不再相認(rèn)。另一方面，其受母親影響甚深，認(rèn)為所謂的名門正派皆是道貌岸然的偽君子，與之格格不入，君子堂因而成為繼唐門世家之后又一大中立門派。
一三九八年，明太祖朱元璋崩，其孫朱允炆繼位。著手大力削藩和打擊江湖勢(shì)力。洛陽(yáng)秦王府資力雄厚、實(shí)力不俗。少王爺朱靖更是以武林人士自居，仗義疏財(cái)積極結(jié)交江湖高手一同抗衡朝廷，與各大派關(guān)系十分融洽。第二年，燕王朱棣不滿朱允炆削藩，決定造反。同年，神僧玄鑒為度化雪山第二勢(shì)力凌霄城城主，制止其暴虐行徑，決意留在凌霄城中，做一名普通的掃地老人。雪山第一勢(shì)力圣域卻在那年冬天因?yàn)椴辉讣尤肷衩氐男暗澜M織，不愿助其危害武林被一夜滅門。僥幸逃出的小孤女則被路過(guò)的俠士所救，帶回收養(yǎng)。
一四零三年，朱棣發(fā)動(dòng)靖難之役，攻克京城登基為帝，為明成祖，年號(hào)永樂(lè)。朱棣執(zhí)政過(guò)后，原想遵循朱元璋密詔，無(wú)奈此時(shí)的江湖勢(shì)力網(wǎng)已經(jīng)極為龐大，甚至與朝廷官員相連。朱棣于是安排精干謀臣化名混入江湖，以收集武林中各派資料為名，暗中蓄意破壞各派關(guān)系，生造事端，以求鷸蚌相爭(zhēng)漁翁得利之效。此人依靠朝廷的資金控制了全國(guó)各地的大通錢莊，并雇用了一批實(shí)力非凡的探子為其收集武林機(jī)密。同時(shí)，此人更是將官場(chǎng)上的厚黑學(xué)帶到江湖：先后散布唐家堡有絕密藏寶圖和《九陰真經(jīng)》秘籍在九宮山的謠言，緊接著又挑起十二連環(huán)塢與丐幫之戰(zhàn)。繼打擊中立和邪派勢(shì)力后，他又制造少林意圖獨(dú)步武林、武當(dāng)峨眉聯(lián)手與之抗衡的假象，企圖徹底瓦解正派聯(lián)盟。幸而有武林盟主林天南的存在，這場(chǎng)可能會(huì)掀起江湖巨波的陰謀才被揭開。
然而明成祖朱棣并未因此罷休，他安排錦衣衛(wèi)作為秘密組織，暗中蓄力打壓武林中人，并以最終鏟除這股勢(shì)力為目標(biāo)。錦衣衛(wèi)得勢(shì)后頗為囂張，行事更是趾高氣昂不把旁人放在眼中，終于引來(lái)東廠的嫉妒與不滿，東廠廠公侯顯安排手下人四處拉攏錦衣衛(wèi)得罪的官員，擬定了一份錦衣衛(wèi)的罪證誣陷其意圖造反。朱棣大怒，警告錦衣衛(wèi)注意言行，卻不信其謀反一事。然而沒(méi)過(guò)多久，錦衣衛(wèi)在收集江湖資料時(shí)發(fā)現(xiàn)武林前人留下的至邪武功修羅陰煞功。錦衣衛(wèi)副統(tǒng)領(lǐng)皇甫遙向統(tǒng)領(lǐng)紀(jì)綱提議：如若修習(xí)此功，錦衣衛(wèi)實(shí)力必遠(yuǎn)超眼下每日操練。然而，這種霸氣十足的陰邪武功一旦修煉，心智便會(huì)發(fā)生變化。錦衣衛(wèi)實(shí)力大增的同時(shí)，性情日益扭曲殘暴，麻木不仁。錦衣衛(wèi)的失控使得朱棣大怒，尋機(jī)將統(tǒng)領(lǐng)紀(jì)綱斬首。副統(tǒng)領(lǐng)皇甫遙見(jiàn)情況危機(jī)，帶領(lǐng)錦衣衛(wèi)連夜闖出京城，從此脫離朝廷，成為武林邪派。與此同時(shí)，盤踞在云夢(mèng)澤一處小島之上的神秘邪道門派極樂(lè)谷正隨著組織勢(shì)力的不斷擴(kuò)張開始駐足江湖，錦衣衛(wèi)于是同其合作，以一統(tǒng)江湖為信念共同對(duì)付武林正派。
一日，江湖上突然有《九陰真經(jīng)》重現(xiàn)江湖的消息。正在蘇州城的武林盟主林天南收到九宮老人的飛鴿傳書，邀他至九宮山一聚。原來(lái)，九宮老人并無(wú)《九陰真經(jīng)》，昔日他打敗魔刀老祖所使的武功是一位南海高人所授。如今《九陰真經(jīng)》重現(xiàn)江湖的傳聞是事實(shí)還是陰謀，尚需仔細(xì)調(diào)查。