經(jīng)過兩百多年的休養(yǎng)生息，自由派得以振作起來，重新恢復到鼎盛時期，強大的宇宙艦隊也重新建立起來。
自由派因為有了博坦人的加入，變的更加包容，也正式成立“自由意志”這個聯(lián)盟組織，其宗旨就是吸納一切崇尚自由平等的宇宙高智慧生命，共同建立一個平等自由的世界，這種東西在思想境界達不到一定高度的普通人看來，就是假大空的東西，其實就有許多思想境界超脫普通人層次的先驅(qū)者，他們把這些理念做為畢生的信念，并且為之奮斗不息，這便是他們值得人尊敬的地方。
“自由意志”成立之后，就開始實行他們的理念，其中最為明確的目標就是消滅“神”的走狗投降派，奪回被其占領(lǐng)的母星，赫拉庫人的發(fā)源地。
自由意志的軍隊開始向外探索，初期以偵察和探測為主，畢竟與投降派分離兩百多年，如今投降派的科技和戰(zhàn)斗力發(fā)展到什么水準，必須探查清楚，貿(mào)然進攻，無疑是置大量士兵的生命于不顧，知己知彼是兵家常識。
投降派的理念就決定他們是偏安一隅的，躺在之前的基業(yè)上，坐享其成就行，其高層領(lǐng)導全都是享樂派，沒有絲毫進取心，所以兩百多年來，投降派也沒有四處搜尋逃走的自由派，他們堅信有“神”的庇佑，自由派不敢打上門來，為此他們把自己稱之為“神之手”，寓意著是“神”在這個世界的代行者。
經(jīng)過自由意志偵察部隊的偵察，發(fā)現(xiàn)投降派的科技進步并不大，隱隱落后于自由意志。
自由意志的高層在獲悉此信息后，決定發(fā)動一次突襲戰(zhàn)，這是時隔兩百多年后，自由意志和神之手的首次戰(zhàn)斗，被稱之為“塞拉星域會戰(zhàn)”。
塞拉星域是神之手控制區(qū)域邊緣的星域，駐扎著神之手一個小型艦隊，共計六十艘各型戰(zhàn)艦。
自由意志由于是試探性攻擊，并沒有投入太多軍隊，雖然神之手科技要略微落后，但是保不準“神”會給他們留下些什么不為人知的手段，萬一出現(xiàn)意外，初次戰(zhàn)斗遭受重大損失，是自由意志不愿看到的事情。
自由意志為此投入兩個艦隊，共計一百艘各型戰(zhàn)艦，數(shù)量約是敵人的兩倍，而且戰(zhàn)艦的科技也略高一籌。
戰(zhàn)斗開始，養(yǎng)尊處優(yōu)的神之手艦隊，不論是士氣還是戰(zhàn)意上，明顯非常低，幾乎是一觸即潰，很快四散逃命。
經(jīng)過一番圍剿和追擊，初次戰(zhàn)斗取的完勝，神之手共計被殲滅四十四艘各型戰(zhàn)艦，其余十六艘戰(zhàn)艦由于逃走的快，被其逃脫，而自由意志并沒有戰(zhàn)艦被擊毀，只有數(shù)艘戰(zhàn)艦被擊傷，傷亡士兵數(shù)百人。
經(jīng)過初次戰(zhàn)斗，神之手知道昔日的敵人回來了，其高層陷入恐慌之中，倉皇組織防御。
此后，自由意志頻頻發(fā)起攻擊，每一次都大獲全勝，令神之手損失慘重，不得不收縮防線。
直到十多年后，戰(zhàn)爭才發(fā)生轉(zhuǎn)機，神之手的主子“神”再一次降臨。
神之手的高層跪在主子面前痛哭流涕，講述十多年來的事情，乞求主子賜予他們力量，戰(zhàn)勝敵人。
有狗腿子為自己辦事方便太多了，神也不想失去狗腿子，但他也不是大方的，雖然賜予神之手一些寶物，但是要驅(qū)動這些寶物，需要神賜予的特殊能量晶體才行，這些能量晶體被稱之為“神晶”。
想要獲得更多的寶物和神晶，神之手就必須提供更多更好的靈魂供神吞噬，同時神很喜歡神之手這個名稱，要求神之手的戰(zhàn)艦外形全部更改，統(tǒng)一改成怪手的形狀，神之手的高層自然遵照執(zhí)行。
自此，神之手加大了對瑪度人的迫害，更多的瑪度人被培養(yǎng)出來成為吞噬的食物。
有了主子賜予的寶物，神之手在與自由意志的戰(zhàn)斗中不再不堪一擊，神賜予的寶物幾乎都是針對靈魂攻擊的，其中最強大的一件，可以讓一個恒星系范圍內(nèi)的一切有靈魂的生命瞬間失去意識，許多人就此失去生命，能夠恢復過來的，也有很多在靈魂上留下創(chuàng)傷，而且無法防御，極其恐怖，只不過其消耗的神晶也非常之多，神之手也不敢肆意使用。
自由意志在遭受一定損失后，意識到問題的嚴重性，自此戰(zhàn)爭陷入膠著狀態(tài)，一晃就是數(shù)千年過去。
雙方的科技水平也在不斷提升，自由意志的科技水平達到3.6級，而神之手略微落后一些，達到3.5級，因為有其主子賜予的寶物，使雙方力量基本持平，自由意志也不敢輕易發(fā)動大規(guī)模的戰(zhàn)斗，一旦神之手不惜血本的使用寶物，自由意志會遭受慘痛的損失。
在數(shù)千年中，自由意志又先后吸收賽爾瑟人、巴普茲人、LS諾人、地球人加入，其中地球人是最晚加入的。
而神之手也跟著自由意志學，采用各種手段拉攏幾個同伙，有克渣人、木吉人、沙卡巴人、辛斯奇人，其中沙卡巴人和辛斯奇人屬于半被奴役半被利用的角色，地位略高于瑪度人，而克渣人和木吉人要好一些，但也只是炮灰而已，被大量投入軍隊中，做為戰(zhàn)爭的犧牲品。
神之手在戰(zhàn)爭中也不再是被動防御，等著自由意志來打，他們也會派出艦隊襲擊自由意志的基地和據(jù)點，牽制自由意志的力量。
現(xiàn)在整個銀河系的大致狀況就是如此。
當年姚遠遭遇到的就是神之手在外巡弋的偵察戰(zhàn)艦，神之手的宗旨就是，不是自己人，能抓就抓，不能抓就消滅，所以求知者號被無故攻擊，幸好遇到的只是偵察戰(zhàn)艦，否則求知者號很可能被直接摧毀。
地球人的運氣也算不錯的，率先被自由意志發(fā)現(xiàn)，經(jīng)過一番波折，地球人順利加入自由意志，畢竟這更符合地球人的理念。
在加入自由意志聯(lián)盟之后，地球人也獲得一些科技，讓2.8級的科技跨越到3.0級，別小看這0.2級的提升，這是一個大的跨越，是從恒星文明跨越到星系文明，科技文明的提升并不是呈加速度的，同修煉者提升有共同之處，越往高級越難，同樣會遇到瓶頸，在發(fā)展初期時，速度快的匪夷所思，但是達到一定程度后，這個速度就會降下來，進入緩慢發(fā)展階段，不斷積累和沉淀知識，直到一個契機，又會向前邁進一步。
比如赫拉庫人，他們在數(shù)千年前就已經(jīng)進入3.0級的星系文明，到現(xiàn)在，自由意志也才剛剛達到3.6級，而神之手才3.5級，而且越往以后，越困難，估計要突破到4.0級的星河文明還遙遙無期，少說也得幾萬年，就連仙女星系3.8級的卡爾塔帕人要想達到4.0級，也得以萬年為單位。
自由意志聯(lián)盟雖然提倡自由平等，但是也不會向聯(lián)盟成員無償提供核心科技，想要獲得，必須付出對等的代價，因此聯(lián)盟內(nèi)部各大種族間，科技也是存在差距的，赫拉庫人和博坦人做為核心，科技等級最高，均為3.6級，賽爾瑟人3.4級，巴普茲人3.3級，LS諾人3.1級，地球人最低3.0級。
地球人科技之所以最低，還有一個重要原因就是，自由意志一直希望獲得地球的核心科技機密，那就是地球人所掌握的靈魂科技技術(shù)，靈魂科技是地球人的最高科技機密，就是地球人也只有高層才知道，至于核心科技機密更是只有幾人知道，所以自由意志一直想地球人用靈魂科技的核心技術(shù)來換取他們的核心技術(shù)，靈魂科技是地球人最后的底牌，當然不會輕易拿出來與人交換，因此造成地球人一直無法獲得聯(lián)盟中更高級的科技，致使科技在聯(lián)盟中處于墊底，為此，地球人高層也進行過多次會議，經(jīng)過反復衡量，始終沒有做出讓步。
不過地球人做為自由意志聯(lián)盟的一員，也沒有把事情做絕，還是盡量向自由意志聯(lián)盟提供一些靈魂科技裝備。
自由意志為什么這么看重地球人的靈魂科技，主要是靈魂科技的裝備能夠有效抵御神之手的靈魂攻擊手段，當一艘戰(zhàn)艦配備靈魂科技裝備時，戰(zhàn)艦上的乘員就能夠在神之手的靈魂攻擊中得以幸存，這是在實戰(zhàn)經(jīng)過檢驗的，為此引起自由意志高層的轟動，這在以前是從未有過的，神之手的靈魂攻擊無法防御，只要在攻擊范圍內(nèi)，凡是具備靈魂的生物，無一幸免，可是地球人的靈魂科技裝備打破這個慣例，能夠有效抵御靈魂攻擊，對于功率很強的靈魂攻擊雖不能完全抵御，但也能大大降低傷害，對于弱的靈魂攻擊，則是完全防御，所以自由意志對此幾乎是垂涎三尺。
其實所有人都不知道，地球人也是有苦難言，靈魂科技裝備根本無法量產(chǎn)，而且是有限，損失一件少一件，根本無法再生，所以地球人才會如此看重，作為最高機密對待。
說到靈魂科技裝備，其核心材料就是魂晶，也就是當年配備給姚遠的魂晶耳環(huán)上面的魂晶，失去魂晶，靈魂科技裝備將完全失去作用。
魂晶還有一個極其重要的用處，就是能夠轉(zhuǎn)移和儲存靈魂，古琦那里的魂晶耳環(huán)就有這個作用，不要小看這個作用，它其實非常了不起。
靈魂經(jīng)過研究，確認是一種奇異的能量，它不同于普通物質(zhì)世界的所有能量，運用現(xiàn)有的科技手段，根本無法捕捉，就連3.8級科技的卡爾塔帕人，雖然也掌握一星半點靈魂方面的知識，可是也做不到捕捉靈魂。
靈魂是隨生命體誕生而生，隨生命體死亡而消散，剛剛誕生的生命體，其靈魂猶如一張白紙，什么都不知道，直到與外面的物質(zhì)世界接觸互動，靈魂才會增加色彩，變的更加穩(wěn)固，同時形成每個人的個性和脾氣。
對于靈魂，修煉者和修真者更為擅長，強大到古琦這種級別的強者，就能夠感應(yīng)到靈魂的存在，也有手段禁錮脫離肉體的靈魂，只不過修煉者和修真者只懂得運用，很少能夠破解其奧秘。
科技文明要研究靈魂為什么如此困難，主要是因為你根本無法觀察到，也沒有辦法捕捉到，你如何研究，只憑想象嗎？沒有實驗數(shù)據(jù)的支撐，什么理論都只能止步于假說。
地球人之所以有所突破，就是因為魂晶的存在，魂晶可以吸收和儲存靈魂，雖然同樣難以觀察和實驗，但是實現(xiàn)了從零突破，把不可能變?yōu)榭赡埽徊贿^研究進展非常緩慢，從姚遠失蹤到現(xiàn)在，終于開發(fā)出靈魂防御裝備，這在當年是沒有的。
估計要想徹底搞清楚靈魂的奧秘，可能要神級文明，甚至是終極的創(chuàng)世文明才行吧。