一號基地內，一顆變異的土之靈魂樹在輪回者們的瘋狂培育下開始快速生長，同時，這顆變異的土之靈魂樹還有一個伴生的蔓藤環(huán)繞在其身上。就算納威人也已經(jīng)很難將其與自己的“圣母”靈魂樹與之聯(lián)系在一起，這顆變異的土之靈魂樹已經(jīng)朝著一個完全不同的方向開始進化。
喀秋莎在得到從納威人部落偷來的靈魂樹之后，就在全力的培育著她，一號基地內的納威人也是在這顆變異的土之靈魂樹的控制下才成功的加入到人類陣營。
經(jīng)過這次戰(zhàn)爭，納威人已經(jīng)很難想象自己將要面對什么樣的敵人。
接下來的幾天，毫無疑問的進入了短暫的戰(zhàn)爭空白期，這顆星球在用自己的方式儲蓄著力量，準備第二次攻擊。輪回者也已經(jīng)收到了任務完成提示，主神空間已經(jīng)提示輪回者可以提前返回空間。很多輪回者已經(jīng)在人類基地兌換了各種聲望道具和裝備，同時，經(jīng)過一次殘酷的戰(zhàn)爭之后，很多人獲得了大量的獎勵。當然，勝利伴隨著死亡，除了被派出去劫掠杰克·薩利的孩子的輪回者，剩下的十幾名輪回者在這次戰(zhàn)爭中損失了將近一半。
連續(xù)的陰雨天是輪回者來到這個劇情世界第一次看到雨天，略帶酸堿性的雨水讓露天在外的所有生物都難以適應。所有人類和輪回者都躲入了室內或者屋檐下，就連一號基地內的納威人也不例外。很多輪回者在接到主神空間的提示后，已經(jīng)開始準備回歸空間，只有少量的輪回者決定留下。
其中，主線劇情任務三給輪回者的任務時間是整整一個月，如果能守住這座基地，后期的獎勵將極其豐厚?？傻谝粓龉シ缿?zhàn)就已經(jīng)讓大多數(shù)輪回者見識到戰(zhàn)爭的殘酷，很多人在活下來之后，根本不愿停留直接回歸主神空間。
獵人和喀秋莎留了下來，因為，喀秋莎的轉職任務還出現(xiàn)了后續(xù)的變化，變異的土之靈魂樹只是其中之一。土之靈魂樹變異之后，成長期相當漫長，好在有大量的能量供應減緩了這個過程。在此之前，喀秋莎已經(jīng)將自己的一部分獎勵交付給獵人，剩下的一張陣營轉換卡也被交給了喀秋莎。
吟游詩人查斯特·貝寧頓也留了下來，狼人阿甘和那位狂戰(zhàn)士都留了下來，這幾位強大的輪回者對自己的實力有相當?shù)淖孕?。不管為了劇情任務獎勵，還是要證明自己的極限，他們都表現(xiàn)出強者的優(yōu)點。
大雨接連下了三四天，第四天晚上，納威人的夜襲悄然而至。大量的飛行編隊和陸地編隊同時展開了攻擊，在杰克·薩利的帶領下，趁著夜色直接突入了一號基地內。一號基地的警報裝置刺耳的轟鳴聲根本趕不上從天而降的納威人的攻勢，很快，整個基地到處響起了的廝殺聲和槍炮聲。
一號基地的城外，已經(jīng)集結了大量的納威人的各種部落的混合編隊，這群納威人學會使用了各種攻城器械。高大的城墻已經(jīng)很難阻擋這群善于攀爬的納威人，在這次突襲中，只有零星的阻擊對準攻城的納威人。
很快，四處城門被打開，接著，那些潘多拉星的猛獸在納威人攻開城門后開始侵入一號基地四處廝殺。各種大型野獸在基地內造成了極大的破壞，很多機械裝甲被肆意破壞。人類和輪回者根本沒法造成有效的防御。被撕開無數(shù)口子的一號基地仿佛被脫光了的少女，被納威人和野獸無情的玩弄。
輪回者早就帶著被控制的納威人和一些野獸圍在了變異的土之靈魂樹附近。這里有一些簡單的防御工事，是最近幾天輪回者和人類冒雨修建的。簡單粗狂的戰(zhàn)壕在這片區(qū)域四處都是，地面上被挖的坑坑洼洼，很多地方都埋藏了大量的陷阱。人類躲在一些不易發(fā)現(xiàn)的地方，被土之靈魂樹控制的納威人早就混在基地各處不見蹤跡。
很快，整座一號基地就被納威人和潘多拉星的猛獸給占據(jù)，除了變異的土之靈魂樹附近。
很多人類劇情人物在被突襲之后慌亂的組織防守，很多人退無可退被殺死在基地的各處，那些藏起來的人類被那些猛獸從藏匿點找出殺死。還有一部分人撤到輪回者據(jù)守的地方，在輪回者的庇佑下活了下來，其中邁爾斯·夸奇上校就是其中之一。
這位傳奇的上校駕駛著一架武裝機械裝甲，靈活的操作著四處大殺特殺，周圍幾乎沒有一合之敵。
很快，在變異的土之靈魂樹周圍到處都是納威人和潘多拉星的野獸，密密麻麻沒有任何空隙的將人類勢力團團圍困在其中。在整個包圍圈方圓幾百米內沒有任何這個星球的生物踏入，仿佛有什么忌諱一樣。
很快，杰克·薩利騎著他的魅影巨獸蝠魟龍從空中的納威人群中脫穎而出，然后，對著圈內的人類喊道，“給你們一個投降的機會，馬上從這個基地離開，納威人將不再是你們的敵人”
“人類叛徒杰克·薩利，你現(xiàn)在已經(jīng)成為了納威人的走狗了么”
“邁爾斯上校，你難得不為這里和曾經(jīng)死去的人類懺悔嗎”
“哈？作為種族叛徒的滋味如何，聽說你已經(jīng)跟那個納威女人有了孩子，杰克·薩利，你真是人類之恥”
“邁爾斯，今天你無論如何也走不出這座基地，納威人會為那些在這里死去在族人復仇”
“杰克·薩利，你可以走過來試試，我在這里等你”
杰克·薩利與邁爾斯·夸奇上校在互相擠兌，被圍困在絕境的輪回者當然不會放棄對生的渴望，在唯一的變異的土之靈魂樹面前，喀秋莎拿出了那張從獵人得來的陣營轉換卡，直接使用。其他的輪回者們因為判斷為隊友的情況，在支付了一筆輪回點之后，也享有了的同等待遇。
“輪回者使用5星R級道具陣營轉換卡成功轉換所在陣營”
“可選陣營，潘多拉星納威人勢力，納威人在潘多拉星的圣樹土之靈魂樹的庇護下生存在這片土地上已經(jīng)上萬年，納威人是土之靈魂樹在潘多拉星上的代言人，輪回者可以在納威人的勢力接取劇情任務”
“輪回者劇情主線任務變更”
“請輪回者在轉換陣營之后，找到土之靈魂樹接取主線任務”
幾乎同時，輪回者變換了陣營之后，周圍的野獸開始變得暴躁起來，雖然，他們并沒有展開進攻。但變異的土之靈魂樹仿佛不再是敵人，可邁爾斯上校就沒那么好運了。
周圍的人類劇情人物瞬間被四處跳出來的猛獸給拖入獸群，幾乎瞬間連渣都不剩。這時候，邁爾斯·夸奇上校才開始慌亂，舉世皆敵不外如是。
在這個過程中，邁爾斯上校看到自己的一個手下拿著一個巨大的包裹朝著自己扔了過來，駕駛著武裝機械裝甲的邁爾斯上校想都沒想就揮舞著手中的長槍砸了過去。
接著，一團血肉從里面掉落出來，在一旁的杰克·薩利看到眼前的一幕瞬間暴走，整個過程幾乎在瞬間發(fā)生。所有人都沒有反應過來發(fā)生了什么，戰(zhàn)斗已經(jīng)進入了白熱化。
杰克·薩利直接控制自己的坐騎魅影巨獸蝠魟龍從空中直沖面前的邁爾斯上校，成為魅影騎士的杰克·薩利，展現(xiàn)出極強的戰(zhàn)斗能力。兩人瞬間打得不可開交，占據(jù)空中優(yōu)勢的杰克·薩利卻不要命的發(fā)動攻擊，一時間強大的邁爾斯上校也被壓制著毫無還手之力。
在這種戰(zhàn)斗中，幾乎沒有任何懸念，占據(jù)被動的邁爾斯上校天時地利人和一樣都沒有，被整個潘多拉星球最強大的勢力團團圍住的他，就算是神也要飲恨于此。
戰(zhàn)斗持續(xù)了很長時間，所有納威人都沒有打擾這場戰(zhàn)斗，杰克·薩利在付出慘重的代價之后，終于將邁爾斯上校的機械裝甲給徹底擊碎。隨后的戰(zhàn)斗一邊倒的傾向了杰克·薩利，不過，邁爾斯上校強大的力量還是給予杰克·薩利的坐騎魅影巨獸蝠魟龍致命一擊。這頭強大的飛行魅影巨獸蝠魟龍在杰克·薩利殘暴的控制下最后與邁爾斯上校同歸于盡。