崇禎自殺，清軍入關(guān)后，明朝宗室在南方先后擁立5位明朝宗室分別建立了5個(gè)抵抗政權(quán)。
1644年5月，福王朱常洵世子朱由崧在明朝舊臣的擁立下南京稱(chēng)帝，改明年為弘光元年，弘光在位一年即被清兵俘虜殺害。
1645年8月，隆武在福建即位，也只活了一年多就倒臺(tái)了。
1646年11月，桂王朱由榔在廣東肇慶登基，稱(chēng)永歷帝。
包括弘光政權(quán)、隆武政權(quán)、魯王監(jiān)國(guó)、紹武政權(quán)和永歷政權(quán)，共計(jì)存在18年，歷史上把這5個(gè)政權(quán)統(tǒng)稱(chēng)為南明。
這是崇禎皇帝作孽，自己上吊煤山，又不讓太子去南京鎮(zhèn)國(guó)，連一份像樣的遺詔都沒(méi)留，沒(méi)辦法大伙只有各自為王了。其中以永歷政權(quán)存在的時(shí)間最長(zhǎng)。鄭成功原奉隆武皇帝朱聿鍵為正統(tǒng)，朱聿鍵賜名朱成功，其國(guó)姓爺稱(chēng)謂即由此而來(lái)。1646年，清軍攻入福建，隆武政權(quán)滅亡。同年，朱由榔在廣東肇慶建立永歷政權(quán)，稱(chēng)為當(dāng)時(shí)唯一的朱氏抵抗政權(quán)，因此原弘光、隆武、魯王監(jiān)國(guó)、紹武等4個(gè)政權(quán)的許多舊臣官員以及農(nóng)民軍殘部均聚集在永歷政權(quán)的名義下繼續(xù)抗清，鄭成功就是這種形式下奉永歷為正朔。1654年，永歷皇帝封鄭成功為延平郡王，鄭氏家族的王號(hào)也由此而來(lái)。順便說(shuō)一下，1657年，永歷晉封鄭成功為潮王，但鄭成功堅(jiān)辭不受。
弘光政權(quán)順治元年（明崇禎十七年，1644年）五月初三首先建立。由馬士英、史可法等奉明福王朱由崧監(jiān)國(guó)于南京。五月十五日即皇帝位，年號(hào)弘光。朱由崧，明神宗之孫，福王朱常洵之子。初封德昌王，進(jìn)封世子。崇禎十六年嗣封福王。次年初，農(nóng)民軍掃蕩北方，朱由崧流亡淮上。時(shí)南京之明殘余勢(shì)力議擇君以定南都，然后揮師北上。曾出現(xiàn)擁潞王與擁福王之爭(zhēng)，最后馬士英恃勢(shì)逼史可法等同意立福王朱由崧為帝。馬士英等以擁戴有功，把持朝政，起用閹黨余孽，貪贓枉法，與高弘圖等東林余黨針?shù)h相對(duì)。清順治二年三月，寧南侯左良玉稱(chēng)奉太子密詔，入誅奸臣馬士英以清君側(cè)，起于武昌，進(jìn)逼南京。時(shí)清軍迅速南下，連續(xù)破徐州，渡淮河，兵臨揚(yáng)州城下。隨后，清軍渡長(zhǎng)江，克鎮(zhèn)江。弘光帝被迫出奔蕪湖。五月十五日大臣趙之龍、王鋒、錢(qián)謙益等獻(xiàn)南京城投降；二十二日朱由崧被獲，解北京處死。弘光政權(quán)覆滅。
隆武政權(quán)順治二年閏六月初七，明福建巡撫張肯堂、禮部尚書(shū)黃道周及南安伯鄭芝龍、靖虜伯鄭鴻逵等，奉唐王朱聿鍵稱(chēng)監(jiān)國(guó)于福州。閏六月二十七日稱(chēng)帝，改福州為天興府，以是年為隆武元年。朱聿鍵，朱元璋九世孫，唐王朱碩熿之孫。崇禎五年嗣立唐王，九年因率兵勤王擅離南陽(yáng)獲罪，弘光時(shí)獲釋。順治二年五月避亂經(jīng)杭州，適南都已亡，鄭鴻逵等迎之入閩。隆武政權(quán)建立之初，儼然有所作為，集廷臣議抗清戰(zhàn)守。即位不及半月，即下詔親征，影響頗大。江浙、安徽、江西各地義軍紛起，響應(yīng)抗清號(hào)召。然而軍政大權(quán)掌握在地方實(shí)力派鄭芝龍手里，隆武本人也為其挾制，實(shí)際并無(wú)建樹(shù)。三年七月，清軍攻下浙東浙南，即揮師南下。鄭芝龍暗中與清軍洽降，撤兵還安平鎮(zhèn)。福建門(mén)戶(hù)敞開(kāi)，清軍長(zhǎng)驅(qū)直入。隆武帝出奔汀州，八月二十八日被清軍追及擒殺，隆武政權(quán)滅亡。
魯王監(jiān)國(guó)清順治二年閏六月二十八日，在浙江余姚、會(huì)稽、鄞縣等地抗清義軍及故明官吏縉紳的扶持下，明魯王朱以海監(jiān)國(guó)于紹興。朱以海，朱元璋十世孫，魯王朱壽鏞第五子。崇禎十七年二月嗣王位。魯王政權(quán)建立后，控制浙東紹興、寧波、溫州、臺(tái)州等地，擁有浙中義師及原明總兵方國(guó)安、王之仁部，且憑借錢(qián)塘江天險(xiǎn)，曾匯兵合攻杭州。但其政權(quán)腐敗，熱衷于與隆武朝爭(zhēng)奪皇統(tǒng)，勢(shì)同水火。順治三年六月不戰(zhàn)而潰，朱以海出海至舟山。清軍迅速平定浙東，魯王大臣張國(guó)維、朱大典、孫嘉績(jī)、王之仁等先后死，方國(guó)安、馬士英、阮大鋮等降清。該政權(quán)建立不到一年即告滅亡。
紹武政權(quán)順治三年十一月初二，大學(xué)士蘇觀生、隆武輔臣何吾騶等于廣州擁立朱聿鍵之弟朱聿鐭為帝，改元紹武。同年十二月十五日，清軍李成棟部攻入廣州，朱聿鐭等皆死。紹武政權(quán)僅存41天。
永歷政權(quán)順治三年十一月初八，明兩廣總督丁魁楚、廣西巡撫瞿式耜等擁戴桂王朱由榔于肇慶稱(chēng)帝，以次年為永歷元年。朱由榔，明神宗之孫，桂恭王朱常瀛少子。初封永明王。為人懦弱寡斷，昏庸無(wú)能。在抗清名將何騰蛟、瞿式耜、堵胤錫、鄭成功等的支持下，尤其是大順、大西農(nóng)民軍與之聯(lián)合抗清，永歷政權(quán)得以生存下來(lái)，支撐臺(tái)灣及中南、西南數(shù)省半壁江山，聲勢(shì)頗大。順治五年春收復(fù)了湖廣、湘桂部分地區(qū)。順治九年收復(fù)廣西全境。接著北取長(zhǎng)沙，東掃江西，收復(fù)二州16郡。但永歷朝政腐敗，統(tǒng)兵將帥專(zhuān)橫跋扈，朝廷中宦官專(zhuān)權(quán)，朋比為奸，內(nèi)訌激烈。順治十五年四月，清軍主力從湖南、四川、廣西3路進(jìn)攻貴州，年底進(jìn)入云南。大西軍精銳損失殆盡。十六年正月永歷帝狼狽西奔，進(jìn)入緬甸。十八年吳三桂率清軍入緬，同年十二月永歷帝被俘。次年四月與其子等被吳三桂縊殺。南明最后一個(gè)政權(quán)覆滅。
其它史料說(shuō)明
1、隆武二年/清順治三年十一月，隆武帝被清軍俘獲，自縊。其弟唐王朱聿鐭稱(chēng)帝，預(yù)定改次年為紹武元年，然同年十二月（公歷已是1647年初）即兵敗自縊，“紹武”年號(hào)從未使用。
2、紹武帝死后，鄭成功不知道永歷帝已即位，于永歷二年在南澳島擁立淮王朱常清為監(jiān)國(guó)。次年，永歷帝使者抵達(dá)南澳，宣讀詔書(shū)，朱常清主動(dòng)取消監(jiān)國(guó)之位，東武年號(hào)也沒(méi)用過(guò)。
3、朱亨嘉表面監(jiān)國(guó)實(shí)際稱(chēng)帝，將他之前除朱元璋以外所有明朝皇帝的帝號(hào)、廟號(hào)、年號(hào)全部廢除，稱(chēng)洪武278年。
4、永歷十三年/清順治十六年（1659年）朱由榔出逃緬甸，這實(shí)際已標(biāo)志著南明滅亡，此時(shí)南明在大陸境內(nèi)已無(wú)寸土。
5、永歷十六年/清康熙元年（1662年），緬甸國(guó)王莽白發(fā)動(dòng)“咒水之難”，殺害永歷帝侍從和官員，扣押永歷帝及其家眷，將其交予已攻入緬甸的吳三桂，明朝徹底宣告結(jié)束。但臺(tái)灣的東寧王國(guó)（明鄭）一直使用永歷年號(hào)直到永歷三十七年/清康熙二十二年鄭克塽降清為止。其實(shí)東寧王國(guó)此時(shí)已經(jīng)成為事實(shí)上的獨(dú)立政權(quán)。
6、關(guān)于“定武帝”是否真實(shí)存在，究竟是誰(shuí)，一直有爭(zhēng)議。此人最早出現(xiàn)于清朝查繼佐所著野史《罪惟錄》，該書(shū)稱(chēng)其本為明朝韓王朱本鉉，被李自成部將郝永忠（郝?lián)u旗）擁立為皇帝，年號(hào)“定武”，活動(dòng)于長(zhǎng)江中上游地區(qū)，直到定武十九年/清康熙三年才被吳三桂剿滅，是南明諸小朝廷中存在時(shí)間最長(zhǎng)的一個(gè)。但這種說(shuō)法破綻太多，可信度不高，當(dāng)代史學(xué)家顧誠(chéng)所著《南明史》傾向?yàn)橐杂瀭饔炛摌?gòu)人物?，F(xiàn)代學(xué)者錢(qián)海岳《南明史》認(rèn)為定武帝是宗室朱璟溧，而孟森則認(rèn)為定武帝是第十五代韓王朱亶塉，但證據(jù)也不充分。
7、但南明覆亡于哪里？永歷皇帝葬身何處，則成了一樁眾說(shuō)紛紜的歷史懸案，至今眾說(shuō)紛紜。南明永歷皇帝究竟覆亡于哪里？
說(shuō)法一：據(jù)《南明史》中的記載，南明最后一個(gè)皇帝永歷皇帝朱由榔被吳三桂處死與云南昆明絞死于金蟬寺，其小骨葬于金蟬寺后山，此為一說(shuō)。其二說(shuō)為朱由榔的大骨由吳三桂的下屬帶往北京作證，但這些大骨究竟葬于何地，至今也未發(fā)現(xiàn)。
說(shuō)法二：《貴州史》云：“十三年（1460年）永歷奔緬甸”，但以后下落未作說(shuō)明。故宮的一份史料稱(chēng)：“永歷帝在從貴州去云南的途中，在黑羊箐（今貴陽(yáng)）河邊遭清人殺害，那條河，自此稱(chēng)為‘南明河’”。沒(méi)有文物作證，難以信服。
說(shuō)法三：《中國(guó)姓氏通書(shū)吳姓》記載：“吳三桂出征緬甸，俘獲南明永歷帝桂王朱由榔，旋即將其絞死”。但葬于何處沒(méi)有交代。
說(shuō)法四：黔南州政協(xié)劉澤淵先生2005年在貴州省政協(xié)主辦的《文史天地》雜志上發(fā)表了“都勻永歷皇帝陵”之說(shuō)。由于沒(méi)有出土重要的文物予以證實(shí)，可信度幾乎為零。
有許多文本記載關(guān)于永歷帝被吳三桂等清人殺害還是難以讓人信服的。
首先，從常理上推想，永歷皇帝是亡國(guó)之君，不可能像普通人那樣一殺了之或者順順便便就可宰殺。更何況在我國(guó)古代社會(huì)，殺人尤其是斬殺亂臣賊子或者亡國(guó)之君等都須得驗(yàn)明正身（至少也得在死后驗(yàn)明正身）。
其次，就算吳三桂早有謀反之心，先斬后奏，但絞死永歷皇帝的時(shí)間與南明滅亡的時(shí)間不吻合。吳三桂絞死永歷帝是清朝順治皇帝十八年（公元1661年），而南明則亡于康熙元年（公元1662年），兩者相差一年的時(shí)間，這就說(shuō)明在永歷帝死去后一年多的時(shí)間里，南明朝廷還是繼續(xù)存在的，這顯然也不合常理。