兩年后，在埃齊奧（Ezio）誕辰28周年之際，騎士們發(fā)現(xiàn)他們從塞浦路斯手中撿回了一個神秘物體。根據(jù)Alta?r對手稿的預(yù)測，Ezio偽裝成安全警衛(wèi)，緊隨包裝，最終遇到了Rodrigo Borgia，Ezio發(fā)現(xiàn)了產(chǎn)品的實際外觀。與“先知”之一交談很重要。后來，埃齊奧（Ezio）和波吉亞（Borgia）進(jìn)行了戰(zhàn)斗，但是其他刺客，馬里奧（Mario），安東尼奧（Antonio），保羅（Paola），特奧多拉（Teodora），拉沃爾佩（LaVolpe）和巴托洛米奧（Bartolomeo）一起出現(xiàn)，以保護(hù)蘋果。在人群和NiccolòMachiavelli作證后，Ezio公開了自己的身份并最終成為兄弟會成員。
在活動結(jié)束時，馬基雅維利（Machiavelli）帶著Aegio到福特城躲藏了伊甸園的蘋果和他們的盟友，Catalina Sforza（Caterina Sforza）能夠保護(hù)它，但是當(dāng)Aegio到達(dá)時，他發(fā)現(xiàn)了整個佛陀。列夫受到捷克共和國軍隊和兄弟盧多維科·奧西的襲擊。吉羅拉·莫·薩沃納羅拉（Girola Mo Savonarolla）生活在盧多維科（Ludovico），被謀殺，造成重傷，并在摔倒前向他道歉。
很快，西班牙兄弟會分支機(jī)構(gòu)的一名刺客路易斯·德·桑坦格爾（Luis deSantángel）試圖找到并幫助同意他的要求并保護(hù)克里斯的埃齊奧（Ezio）?？死锼雇蟹āた苽惼拢–hristofa Corombo）不受跨大西洋的廟宇航行的保護(hù)。騎士的間諜已經(jīng)結(jié)束。同時，劉易斯告訴埃齊奧（Ezio），在圣殿騎士團(tuán)（Thomas）的協(xié)助下，托馬斯·德托克瑪達(dá)（Thomas de Tokemada）襲擊了西班牙的一名地方刺客。為此，埃齊奧（Ezio）前往西班牙營救了多個刺客，并最終確認(rèn)哥倫布的艦隊已經(jīng)開始了成功的旅程。
問題解決后，埃齊奧返回意大利，繼續(xù)尋找伊甸園的蘋果。 1497年，他回到佛羅倫薩，發(fā)現(xiàn)洛倫佐·德·美第奇被薩沃納羅拉殺死。他的丈夫也受到薩沃納羅拉（Savonarola）的操縱。被暴徒殺死。在馬基雅維利的幫助下，埃齊奧開始計劃在薩沃納羅拉的控制下解放佛羅倫薩。薩沃納羅拉中尉被暗殺，蘋果又回來了。那些不在蘋果公司控制范圍內(nèi)的人立即試圖用槍殺死一名死去的和尚，但愛治伸出了友好的手，將他安定下來，然后才到達(dá)火焰。
將蘋果帶到美國后，們在Monte Ridge Oni會面，并開始討論長期計劃。隨著我們對阿爾泰手稿的更多了解，刺客用切碎的手稿成功創(chuàng)建了世界地圖，并在羅馬的蘋果公司找到了一個更加神秘的地方。西斯廷教堂下的秘密地下室。不幸的是，RodrigoBorgia已經(jīng)提前知道了這一步驟，現(xiàn)在擁有教皇亞歷山大六世的頭銜。呃99當(dāng)眾神在1499年襲擊羅馬時，埃齊奧（Ezio）隨Sissia教堂來到了波吉亞（Borgia）。在最后的戰(zhàn)斗中，波吉亞用教皇的十字架和伊甸園的碎片襲擊了埃齊奧，恢復(fù)了蘋果的實力，但最終蘋果的實力有所提高，但并未殺死埃齊奧的勝利（埃齊奧）。博爾吉亞（Borgia）成功地將教皇的十字架與伊甸園（Eden）的蘋果放在一起，并成功地在地下打開了一條隱藏的通道。埃齊奧感到困惑和陌生，于1500年回到蒙特里久尼（Monteriggioni）介紹一名刺客伙伴，講述羅馬發(fā)生的事，而馬基雅維利（Machiavelli）失望的是不殺死波吉亞（Borgia）。 Ezio未完成的工作。 Caterina Sforza現(xiàn)在正在尋找Ezio，并試圖在Monteriggioni雇用雇傭兵。兩人有一個春節(jié)，但是早晨，炮擊聲從他們的夢中恢復(fù)。羅德里戈·伯格（RodrigoBorgia）派兒子塞薩雷（Cesare）找到埃齊奧（Ezio），并開設(shè)了一個帳戶。埃齊奧（Ezio）和該市的雇傭軍為逃離公民而戰(zhàn)，但悲劇爆發(fā)了。受傷和受傷的卡特琳娜州被捕，最重要的蘋果被移除。