據(jù)記載，崇禎十六年，也就是1643年秋天，鼠疫在北京一帶開始蔓延，可入冬以后，隨著氣溫變低，鼠疫的傳播開始減緩。
當(dāng)李自成攻到北京城下時，正是農(nóng)歷的三月，陽歷的四月，此時已經(jīng)是春暖花開，北京城里鼠疫正好是突然爆發(fā)的關(guān)鍵時刻，鼠疫的蔓延一發(fā)而不可收拾，于是，崇禎手里面本來就不多的守軍也逐漸失去了戰(zhàn)斗力，據(jù)說當(dāng)時城墻上三個城垛才能分到一個士兵去守衛(wèi)。守城的士兵“鞭一人起，一人復(fù)臥如故”，所以，李自成才可以輕松的攻入北京城。
而就在李自成30萬大軍進駐北京城后，他們或許也被城內(nèi)的真實情況給震撼到了，不過為時已晚，他們也紛紛感染了鼠疫。鼠疫的潛伏期大約是20多天，李自成是農(nóng)歷三月十八日進城，四月十三日發(fā)兵進攻吳三桂，而他們與清軍的一片石決戰(zhàn)是在四月二十二日左右。按照這個時間節(jié)點來算，李自成帶到山海關(guān)前的兵士，暫時沒有人發(fā)病，這批人在山海關(guān)戰(zhàn)死了一部分人，逃回來的也陸續(xù)發(fā)病，即便是僥幸痊愈的人也非常虛弱，毫無戰(zhàn)斗力可言。
而留在北京城內(nèi)的，則依然發(fā)病。因此，李自成兵敗山海關(guān)精銳盡失后，回到北京也無力防守，只得棄城而走。而他的余部因身染鼠疫，離開北京后也一敗再敗，甚至還把鼠疫傳播到了各地留守部隊之中，“凡賊所經(jīng)地方皆大疫，不經(jīng)者不疫”。各地留守的部隊就這樣染上鼠疫，于是李自成又棄山西、棄西安，最后敗死九宮山。