為了確認(rèn)藍(lán)魔鬼的行蹤，X教授派出暴風(fēng)女和琴葛蕾博士，前往波士頓進(jìn)一步調(diào)查。但所有人都沒料到，史崔克將軍的特種部隊(duì)抓住機(jī)會(huì)乘虛而入，發(fā)動(dòng)奇襲重創(chuàng)了X學(xué)院，不但放走了萬磁王，還逮捕了X學(xué)院中的學(xué)生并控制住了X教授。
在沖突中，金剛狼與史崔克將軍的交鋒，令金剛狼察覺到史崔克將軍與自己過去的記憶有著千絲萬縷的關(guān)系。但是記憶碎片的沖擊卻使金剛狼陷入記憶深處的混亂而失去了戰(zhàn)斗力，直到小淘氣、冰人、和火人趕來相救，才使他得以逃離險(xiǎn)境。
但是，自以為躲過一劫的X戰(zhàn)警們卻還沒有意識(shí)到，史崔克將軍的真正目標(biāo)并不是學(xué)院中的學(xué)生，而是X教授所使用的，可以找到世界上每一個(gè)變種人的X主腦！
史崔克將軍的兒子杰森也是一名變種人，并曾在X學(xué)院中學(xué)習(xí)，代號(hào)“變種人143”，特有的意識(shí)操縱能力與X教授頗有淵源。但是，史崔克將軍的邪惡野心卻妄圖利用自己兒子的超能力操縱X教授，控制X主腦來向世界各地的變種人發(fā)動(dòng)腦波攻擊。
與此同時(shí)，金剛狼等人與琴葛蕾博士和暴風(fēng)女在波士頓匯合，并且成功招募了藍(lán)魔鬼，使X戰(zhàn)警的隊(duì)伍中又多了一名強(qiáng)有力的成員。
重獲新生的X戰(zhàn)警們來到冰人的家中，準(zhǔn)備稍作休整。但是，冰人的家人卻可恥地背叛了自己的孩子，向政府報(bào)警而因此引來了軍方的圍堵，甚至連X戰(zhàn)警乘坐的X戰(zhàn)機(jī)也被軍機(jī)擊落！
就在千鈞一發(fā)之際，感受到史崔克威脅的萬磁王在緊要關(guān)頭出現(xiàn)，令人意外地出手救下X戰(zhàn)警，并且建議X戰(zhàn)警與自己展開合作，共同對(duì)抗變種人共同的敵人--史崔克。
戰(zhàn)斗的過程中琴葛蕾為了拯救同伴被洪水淹沒在了湖底，但是X戰(zhàn)警們也挫敗了史崔克將軍的陰謀。
之后就是2006年美國(guó)政府通過復(fù)制一個(gè)具有可以抑制變種人基因的男孩的細(xì)胞研制出了可以使變種人失去能力的藥物，這引起了變種人群體的巨大爭(zhēng)議與恐慌。
萬磁王借此機(jī)會(huì)四處宣揚(yáng)美國(guó)政府將以此發(fā)動(dòng)滅絕變種人的戰(zhàn)爭(zhēng)而召集各地的變種人加入其變種人兄弟會(huì)。
另一方面，X戰(zhàn)警發(fā)現(xiàn)了此前犧牲自救拯救眾人的琴格雷，X教授感受到了其體內(nèi)黑暗人格“黑鳳凰”的異動(dòng)。
之后琴的力量暴走，X教授帶領(lǐng)X戰(zhàn)警與萬磁王同時(shí)找到了琴。X教授決定憑借自己的力量將琴從黑暗人格中拯救出來，卻受到了琴黑暗人格的抵抗而灰飛煙滅，而琴則與萬磁王一起離開。
絕望中的暴風(fēng)女決定領(lǐng)導(dǎo)逆境中的X戰(zhàn)警并繼續(xù)維系變種人學(xué)院。金剛狼為了拯救琴深入變種人兄弟會(huì)，期間發(fā)現(xiàn)了萬磁王意圖，以可以使變種人失去力量的男孩為目標(biāo)，依靠變種人兄弟會(huì)與琴的力量向人類發(fā)動(dòng)戰(zhàn)爭(zhēng)。
為了拯救黑暗中的琴，也為了化解人類與變種人的這場(chǎng)互相滅絕的戰(zhàn)爭(zhēng)，金剛狼召集了X戰(zhàn)警，決定與萬磁王和變種人兄弟會(huì)展開一場(chǎng)殊死搏斗。
最后金剛狼萬般無奈之下殺掉了琴。
殺死了琴之后的金剛狼心灰意冷之下，在位隱居于加拿大的深山老林，但每日惡夢(mèng)不斷。
在一次與獵人的沖突中，他得到東瀛女子雪緒的幫助，雪緒是羅根二戰(zhàn)期間的舊相識(shí)矢志田市朗派來的下屬，似乎不久于人世的老友渴望死去之間再見羅根一面。
跨越重洋的羅根終于見到了虛弱的矢志田市朗，此時(shí)的矢志田市朗已經(jīng)是個(gè)老頭子，幾乎燈枯油盡的狀態(tài)了，他找金剛狼的目的根本就不是告別，而是想讓金剛狼留下，把他的超能力交換給他。
并且告訴金剛狼，他可以有一般人的生活，可以與愛人一起生活，老去，死亡。金剛狼猶豫那么一下，還是拒絕了老頭。在金剛狼拒絕了對(duì)方后，矢志田市朗希望他能夠保護(hù)自己的孫女真理子。隨著老人謝世，葬禮上突然戰(zhàn)火點(diǎn)燃。
羅根在雪緒的幫助下拼死救出真理子，兩人一起逃亡，并因此互生情愫。而矢志田市朗的兒子矢志田信玄似乎另有所圖。
在逃亡途中，羅根意外發(fā)現(xiàn)他喪失了自愈的能力，金剛狼最大的危機(jī)降臨。
金剛狼被真理子抱到了旅館老板那里，找來了老板當(dāng)獸醫(yī)的兒子幫他縫合傷口，第二天金剛狼和真理子來到郊區(qū)的房子并住下，度過了美好的一天，夜里小狼再次夢(mèng)到琴葛蕾。
第二天早上起床，金剛狼發(fā)現(xiàn)真理子不見，便跑出去找，發(fā)現(xiàn)時(shí)黑幫將其抓走，由于小狼半殘，所以沒追上，僅僅殺了一個(gè)人。
金剛狼找到雪緒，并讓其帶著自己去找真理子的未婚夫并發(fā)現(xiàn)其正和一群妓女鬼混。
小狼問出原來是真理子的父親也就是矢志田的兒子為了矢志田企業(yè)等政治經(jīng)濟(jì)上的原因才讓真理子與這個(gè)男人結(jié)婚由于金剛狼已經(jīng)愛上真理子，于是極其氣憤，將此人扔到了樓下的泳池里。
真理子被帶到了他爹手里，因?yàn)槭钢咎飳⑺羞z產(chǎn)都給了真理子，所以他爹想奪權(quán)，正在這時(shí)，一群忍者包圍了房子（是被毒蛇控制的真理子的銀武士帶來的)。毒蛇與老爹墨跡一會(huì)兒并使了毒，然后帶走了真理子。
金剛狼和雪緒也到了這里，金剛狼用矢志田治病時(shí)用的X光照射自己，發(fā)現(xiàn)心臟上趴著一條蟲子，于是想開膛破肚抓蟲子。
由于雪緒有預(yù)見死亡的能力，她擔(dān)心金剛狼會(huì)死（其實(shí)就是暗戀），金剛狼沒得理她。
便去抓蟲子，這時(shí)老爹拿著武士刀殺了進(jìn)來開始和雪緒戰(zhàn)斗。過了一會(huì)兒金剛狼掏出了蟲子，接著就斷氣了。不過恢復(fù)過來的自愈基因?qū)⒔饎偫蔷然盍诉^來，救了雪緒，殺了老爹。
根據(jù)毒蛇留下的線索，金剛狼和雪緒找到的毒蛇一伙的藏身處，一番搏斗后小狼身中數(shù)箭倒地。