第十三集-敵我同源
時間，第十使徒消滅后，第十一使徒出現(xiàn)前。
這天，EVA的開發(fā)人員赤木博士來的政府高層，申請?zhí)峁┮恍┵Y金，因為赤木經(jīng)過一段時間的思考，想將零號機改造成三號機，增強戰(zhàn)斗力，設(shè)計圖都已經(jīng)寫好了。
政府經(jīng)過討論后同意了此事，暫時回收了零號機。
時間，現(xiàn)在。
零號機的改造差不多完成了，而在改造零號機的這段時間里，政府的程序員在赤木博士的設(shè)計圖里找到了靈感，自己設(shè)計了一個東西，他找到赤木博士告訴了這件事。
程序員：赤木博士，您在設(shè)計圖里說想將EVA的系統(tǒng)里增加一個能夠自動解析敵人的戰(zhàn)斗方式并做出完美判斷的系統(tǒng)。但我想這樣太麻煩了，與其在如此龐大的EVA系統(tǒng)里在增加新的東西，不如直接改造整個插入栓，讓其變成全自動，由系統(tǒng)代替駕駛員作戰(zhàn)。我將其稱之為，傀儡插入栓。
赤木簡略的瀏覽了這傀儡插入栓的設(shè)計，雖然覺得好，但是表示不同意，因為赤木覺得人類不能完全依靠機器，雖然系統(tǒng)能進行判斷，但往往有時候機器的判斷并沒有人類的好。這個系統(tǒng)也只是想在緊急情況的時候作為備用方案用來逆轉(zhuǎn)戰(zhàn)局的保險。
赤木如此說道，程序員聽完后心里十分的氣憤，但是這里可是NERV，他不敢鬧事，只能氣沖沖的走了出去。
學(xué)校那里，碇巧在上著課，講到知識點的時候發(fā)現(xiàn)凌居然在下面打瞌睡，然后一粉筆砸到凌的頭上說“凌同學(xué)，上課時可不能睡覺哦?！?p> 凌：抱歉老師。
碇巧：那么我們繼續(xù)來講題，這道題說要證明AD是⊙O的切線，這道題其實很簡單，我們首先要......
過了一會，下課鈴聲響起，學(xué)生們都走出了教室，碇巧帶著三人來到天臺繼續(xù)講之前沒有講完的事。
碇巧將關(guān)于人類同化計劃所知的一切都告訴了三人，當(dāng)年南極的沖擊事件都是seele一手策劃的，他們原先就是那場實驗負責(zé)核心的工作人員，那次實驗中，他們發(fā)現(xiàn)了遠古時期就造訪過地球的外來生物-亞當(dāng)。
實驗的過程中，他們發(fā)現(xiàn)亞當(dāng)體內(nèi)的細胞能和人類的細胞產(chǎn)生一種非常特殊的反應(yīng)，這種反應(yīng)可以促進生物快速進化，脫離原有的生態(tài)系統(tǒng)，成為一種新生命。三人回想了一下目前出現(xiàn)過的所有使徒，除了三，四，五，和沒露過面的第七使徒，其他都有著類似人的外表，人的四肢，人的五官，甚至人的思想，幾乎都和人類一模一樣。
碇巧：不僅如此，關(guān)于時空的裂縫這件事，也是seele策劃的，他們故意讓那場實驗失敗，通過沖擊的巨大力量打開了裂縫。這個裂縫也不簡單，它也有著巨大的能量，能進一步的讓生物細胞變異，成為新物種。
綜上所述，這些一切都是seele的計劃，他們想通過使徒與人類的對戰(zhàn)，總結(jié)經(jīng)驗，創(chuàng)造出能夠永生的生物，促進人類進化，獲得接近于神的力量，從而支配世界。
突然這時，使徒出現(xiàn)，它跟前幾次出現(xiàn)的使徒一樣，都有著類人的軀體，而這次的使徒比起以前的來說要強上許多。
EVA緊急出動后與使徒展開戰(zhàn)斗，使徒一打二，全程把兩臺EVA吊著打，兩臺EVA都不知道被打得在地上滾了多少圈。在被使徒長時間的壓制后，使徒卻轉(zhuǎn)身離開了。
當(dāng)兩臺EVA想追上去的時候，系統(tǒng)顯示機體受損，大多都在關(guān)節(jié)處，無法正常運動。
碇巧在學(xué)校天臺看著，說“果然變強了”。按照seele的尿性，下一步就是三號機來到這里了。然后下一秒真嗣就接到了電話，果然是三號機要來了。
到了晚上，所有人都走了，但唯獨碇巧一個人還留在辦公室，他侵入學(xué)校的攝像頭，讓其一直停留在沒有人的時間段。他用學(xué)校的網(wǎng)絡(luò)繼續(xù)調(diào)查著這些事。這時突然有一位女老師急急忙忙的跑回辦公室，碇巧被下了一跳。
碇巧：千千千鶴老師你怎么回來了。
千鶴：啊？碇老師？你怎么還沒走??？
?。ㄇQ老師，原名：鈴原千鶴）
碇巧：啊，剛剛忙完，正準備走呢，你也是，怎么回來了。
千鶴：我剛回到家準備放松一下時發(fā)現(xiàn)手機沒帶，翻遍了包也沒有，所有回來看看。
碇巧：這樣啊。
千鶴找了找自己的辦公桌，果然找到了手機，碇巧準備走時千鶴叫住了他，問碇巧是不是住在西面邊緣區(qū)，碇巧回答是，千鶴說自己也住那附近，碇巧回了一句“so？”
千鶴：其實我，出門太急忘記帶錢包了，隨身帶的錢剛打車來時花完了。所以能帶我一程嗎？
碇巧：可以呀，走吧。
千鶴：謝謝碇老師。
兩人坐上了晚班的公交車，但因為是晚班車，不能送到邊緣區(qū)，得要步行一段時間。在夜晚的街道上，兩人一同走在空無一人的街道上，一路都沒有說過話。為了找話題，千鶴問碇巧有沒有女朋友。
碇巧：女朋友啊，沒有。
千鶴：誒！碇老師居然沒有女朋友！
碇巧一臉平靜的回了句“嗯”
千鶴：碇老師別看玩笑了，你人雖然長得普通，但是人好還很溫柔，并且在日常中還很會照顧人，為什么會沒女朋友啊？
碇巧：因為以現(xiàn)在的狀況我不想交啊。
千鶴：不想交？是還沒遇到對眼的嗎？
碇巧：不，我雖然沒有女朋友，但是，我有老婆啊。
千鶴：誒?。?！
千鶴不敢相信這位雖然白發(fā)但是依然很年輕的人居然已經(jīng)有了老婆，碇巧還說自己老婆還懷著孕，因為工作問題不能一直陪她，但是能定期抽點時間回去看看，也算是一種對老婆的關(guān)心吧。過了一會，兩人各自回到了家中，碇巧洗好澡后躺在床上，慢慢的睡去。
到了第二天，三號機運來了，以防使徒再次出現(xiàn)，NERV立刻準備了啟動工作。經(jīng)過一段時間的調(diào)整和實測試，三號機已經(jīng)可以運用在實戰(zhàn)當(dāng)中了。
第三天的下午，使徒又出現(xiàn)了，這回有三臺EVA了，一定可以擊敗使徒。面對三人的圍攻，使徒很快就跟不上三人的連擊節(jié)奏，露出了破綻，這時碇巧駕駛最終號機來收人頭了。
最終號機從天而降的給了使徒一擊飛踢，讓掏出一把等身長的背前長船向使徒砍去，使徒很快就被打到在地。最終號機站在使徒旁邊，用手有力一掏，將使徒的核心掏了出來，隨后將其捏碎。
就在以為結(jié)束時，真嗣與三號機的連接出現(xiàn)異常，神經(jīng)連接非常紊亂。
碇巧：最后還是來了嗎。
在駕駛艙里的真嗣感到非常痛苦，青筋暴起，隨后暈倒在地。突然，真嗣又睜開了眼睛，三號機的眼睛也隨之變成紅色。
明日香：這是，怎么了。
凌：真嗣！你怎么了！
碇巧：不用喊了，現(xiàn)在他聽不見，因為暴走，做為死人活著的代價，也就是副作用，發(fā)作了。
此時的真嗣已經(jīng)逐漸變得像個野獸了，嘴里喘著粗氣，雙腿微曲，手部呈爪子狀，以極快的速度沖向他們，瞬間把明日香跟凌撩到在地。
NERV想要切斷真嗣和EVA的連接，但是沒有，信號被拒絕，無法彈出插入栓。
碇巧：真麻煩，不過比野性，我還沒怕過。
碇巧從最終號機里走了出來，縱身一躍，變成了上次出現(xiàn)的巨大怪物，碇巧讓最終號機退下，讓他自己來解決。
當(dāng)三號機沖來時，碇巧抓住時機，一擊將三號機的腹部擊穿，繞道背后將插入栓強行拔出，一個回旋踢將三號機解決。
碇巧：雖然知道很弱，但也太弱了吧。
碇巧讓最終號機回去，然后自己變回原來的樣子，碇巧把插入栓打開將真嗣救出，然后一拳給真嗣體內(nèi)傳遞了一些能量，能抑制暴走。
凌和明日香二人趕了過來，將暈倒的真嗣接走，碇巧告訴他們，“即使有了三號機也不要讓他長時間和EVA接觸，否則會和今天一樣”
NERV回收了三臺EVA，碇巧也回到了家中。
碇巧：接下來如果讓真嗣獲得生命果實的話，說不定能起死回生，你還真是倒霉啊，力天使。
第十三集-完
預(yù)告：最強拒絕型使徒到來，不得使用的三號機，NERV將迎來一場硬戰(zhàn)。
下集：獲得重生