序-3-決定
開(kāi)篇小劇場(chǎng)
新世界里，即使沒(méi)有了使徒，日子也并不安穩(wěn)，NERV脫離了政府，成為了私立的國(guó)際型打擊犯罪的組織，并得到了政府的認(rèn)可，像以前一樣，權(quán)力高于個(gè)別國(guó)家。
從此，EVA的駕駛員們成為了FBI中的FBI，為打擊犯罪再填一份力。
正篇開(kāi)始
真嗣接到消息后，立刻起身趕往NERV。在路上，真嗣路過(guò)一個(gè)便利店，他停下了腳步，跑進(jìn)店里買(mǎi)了幾個(gè)巧克力后繼續(xù)趕往NERV，路上還時(shí)不時(shí)的吃上幾塊。
NERV那邊，系統(tǒng)捕捉到了使徒的身影，第三新東京市開(kāi)啟了戰(zhàn)斗狀態(tài)，全員進(jìn)入第一戰(zhàn)斗準(zhǔn)備。城市里的高樓大廈紛紛下降躲藏到地底，而沒(méi)有下降的房屋變成了帶有武器，能夠和使徒交火的戰(zhàn)斗模式。NERV派出了戰(zhàn)斗機(jī)去偵查使徒的動(dòng)向，非戰(zhàn)斗人員和平民全部都疏散完畢。
避難所里，真嗣的同學(xué)們都呆的好好的，但是除開(kāi)那兩位同學(xué)，在冬治和另一位同學(xué)的對(duì)話中知道，他叫相田劍齊。劍齊擺弄著相機(jī)，但是不管怎樣相機(jī)只能顯示出文字報(bào)道，因?yàn)樾侣劚还苤屏?，不?huì)讓平民看到的。
此時(shí)使徒已經(jīng)接近第三新東京市防御系統(tǒng)不斷向使徒開(kāi)火，但全部都被使徒的at立場(chǎng)給擋住了，使徒繼續(xù)前進(jìn)，政府也再次請(qǐng)求NERV出動(dòng)EVA。
美里：真啰嗦，不用催我們也會(huì)出動(dòng)的。
真嗣進(jìn)入插入栓內(nèi)部，插入栓插入，LCL注入，神經(jīng)連接沒(méi)有問(wèn)題，這時(shí)的真嗣突然發(fā)現(xiàn)自己不知為何又要駕駛EVA。
真嗣：我這是怎么了？當(dāng)時(shí)的一時(shí)恨意沖頭想找東西發(fā)泄，但現(xiàn)在卻變成了這樣。我到底是為何而戰(zhàn)啊？
避難所那里，劍齊一直想要一睹EVA的風(fēng)采，與冬治結(jié)伴，騙班長(zhǎng)洞木光兩人要去上廁所，班長(zhǎng)沒(méi)有懷疑讓兩人走了。成功蒙混過(guò)關(guān)的兩人偷偷的離開(kāi)了避難所，到達(dá)附近的一座山丘上，這時(shí)EVA也出動(dòng)了。使徒到達(dá)城市里面，它直立起來(lái)，身體下有著許多腳，身體兩邊各有一個(gè)長(zhǎng)辮子，有著紅色的外殼保護(hù)著。
初號(hào)機(jī)到達(dá)地面，運(yùn)輸裝置解除，拿起旁邊的機(jī)槍對(duì)著身體一頓狂掃，煙霧四起，使徒被煙霧遮住，突然從煙霧里有一道光閃出，真嗣躲開(kāi)，光砍到了旁邊的房子，房子直接崩塌，初號(hào)機(jī)的一只腳被壓在了下面。
煙霧散去，使徒靠近初號(hào)機(jī)，真嗣想逃，但是腳被壓住，靈機(jī)一動(dòng)，把壓著腳的房屋殘骸當(dāng)盾牌黨住了使徒的攻擊并且逃了出來(lái)，使徒繼續(xù)攻擊，速度極快，真嗣只好不停的躲避。一大片區(qū)域都被使徒破壞了，就算一直躲避攻擊，但是臍帶電纜還是被砍斷了，初號(hào)機(jī)的活動(dòng)時(shí)間只有五分鐘了。
躲著躲著，一個(gè)不留神被抓住了破綻，腳被使徒抓住了，使徒將初號(hào)機(jī)拋了出去，正好落在了冬治和劍齊他倆在的山坡上。初號(hào)機(jī)飛來(lái)，兩人嚇到腿都軟了，但幸好沒(méi)有壓到他們兩個(gè)。
美里：真嗣，沒(méi)事吧真嗣！
真嗣：沒(méi)事。
真嗣看了一下旁邊，他們兩個(gè)正被嚇倒在地上。
真嗣：他們?cè)趺磿?huì)在這。
調(diào)查一下，美里得知這兩人是真嗣的同學(xué)。使徒過(guò)來(lái)了，發(fā)起進(jìn)攻，因?yàn)橛腥嗽?，真嗣用手硬接住使徒的攻擊，此時(shí)的初號(hào)機(jī)只剩下三分半的活動(dòng)時(shí)間，手部的接觸面溶解，損傷度58%。這種程度相當(dāng)于徒手拿著燒紅的鐵，十分的疼。
美里下令，讓他們兩個(gè)進(jìn)入插入栓內(nèi)，以保安全。真嗣暫時(shí)切斷連接彈出插入栓讓他們兩人進(jìn)來(lái)。兩人進(jìn)去后LCL重新充電連接，當(dāng)亮起光的時(shí)候，他們看見(jiàn)了努力和使徒戰(zhàn)斗的真嗣，手部的保護(hù)膜已經(jīng)溶解，真嗣最后忍不住疼痛把使徒扔了出去。初號(hào)機(jī)手部的裝甲已經(jīng)融掉一半了。美里讓真嗣撤退，但是真嗣不聽(tīng)，執(zhí)意要擊敗使徒。
啟動(dòng)高振動(dòng)粒子，初號(hào)機(jī)的活動(dòng)時(shí)間只剩下一分鐘了。真嗣拼死一搏，跳到高空落下，躲過(guò)了使徒的攻擊后一刀插入使徒的核心，頓時(shí)火花飛濺。刀插入后便一直與使徒糾纏，此時(shí)初號(hào)機(jī)活動(dòng)時(shí)間只有三十秒了。在最后幾秒時(shí)真嗣一刀砍下，使徒核心被破壞，使徒死亡。
戰(zhàn)斗結(jié)束，真嗣躺在駕駛座上，一直喘著氣，慢慢的恢復(fù)了呼吸，反應(yīng)過(guò)來(lái)后一切都結(jié)束了。天空下起了雨，城市的街道上空無(wú)一人，真嗣被帶到了審訊室。
美里：為什么要違抗命令。
真嗣則坐在美里對(duì)面一臉平靜的，毫不慌張的吃著巧克力。
美里：我在問(wèn)你為什么違抗命令。
真嗣沒(méi)有搭理，一個(gè)響指叫住了審訊室門(mén)旁站著的崗位。
真嗣：誒小哥，麻煩你去第一中學(xué)附近的便利店買(mǎi)一下這個(gè)牌子的巧克力，錢(qián)給你，快去快去。
崗位就這么被支開(kāi)了，美里看著真嗣。
真嗣：怎么，你也想嘗嘗？不過(guò)還是別吃吧，太甜了，不適合女孩子。
美里：玩完了嗎，可以好好談?wù)劻藛?，為什么要違抗命令。
真嗣沉默了一會(huì)說(shuō)“如果在戰(zhàn)場(chǎng)上逃走了的話，還怎么守護(hù)這座城市里的千家燈火”
說(shuō)完便離開(kāi)了NERV，真嗣坐著列車(chē)，聽(tīng)著隨身聽(tīng)里的音樂(lè)，一直一個(gè)人的待著，最后坐到了終點(diǎn)站才下車(chē)。夜晚的都市燈紅酒綠，真嗣一人行走在街道上，還被幾個(gè)小混混擋路，但這些小混混還不知道他們即將要發(fā)生什么事。小巷子里，真嗣直接把小混混暴打一頓，而且反客為主的搶走了他們的錢(qián)。在街上隨便找了一個(gè)旅館住下，開(kāi)了一間單人房，并且點(diǎn)了一點(diǎn)菜吃。吃飽喝足后真嗣回到了房間里，洗了澡，刷了牙后便躺在床上睡去。
第二天清晨時(shí)分真嗣就離開(kāi)了旅館。清晨，煙霧繚繞，真嗣登上了一座山，在頂上，真嗣望著遠(yuǎn)處的城市，望著望著，真嗣撇了眼附近，嘆了一口氣后走了。直至夜晚，真嗣依舊一個(gè)人走在街道上，穿過(guò)狹長(zhǎng)的隧道后真嗣發(fā)現(xiàn)前面的路斷了，真嗣又嘆了一口氣。
真嗣：唉，真是的，不就是想把我?guī)Щ厝?，干嘛把路炸了啊?p> 真嗣轉(zhuǎn)身看向后面，頓時(shí)多道燈光亮起，真嗣拿出墨鏡遮了一下燈，面前出現(xiàn)了許多黑衣人，明顯是NERV的人。又過(guò)了一天，真嗣回到NERV，安靜的待在審訊室里。
過(guò)了一會(huì)，美里拿著巧克力進(jìn)來(lái)了。
美里：出去晃了一圈心情好點(diǎn)了嗎。
真嗣：哎~呀（伸懶腰）出去玩了兩天，還不錯(cuò)。
美里：吶，這是你拖崗位買(mǎi)的。
真嗣：謝謝。
美里：調(diào)整好狀態(tài)后就繼續(xù)吧。
真嗣：啊。
美里離開(kāi)了審訊室，真嗣吃了口巧克力。
真嗣：駕駛EVA這一重任我可不會(huì)放任不管的，因?yàn)椋琁'm not alone.（我不是一個(gè)人)
司令室里，冬月個(gè)碇源堂談?wù)撨@最近真嗣的行為。
冬月：雖然和計(jì)劃的不一樣，但你兒子最后還是回來(lái)了。
碇源堂：接下來(lái)只需要讓他和麗多接觸就行了，計(jì)劃照舊。
冬月：十幾年前就定好的劇本，真是被命運(yùn)作弄的孩子們吶。
學(xué)校里，真嗣回到了校園，冬治要求真嗣把之前打他的一拳還給他，真嗣對(duì)此說(shuō)不在意，但冬治堅(jiān)決要真嗣打他一拳。
真嗣：你沒(méi)開(kāi)玩笑吧，我一拳下去可是很疼的。
冬治：我沒(méi)開(kāi)玩笑，來(lái)吧！
真嗣一拳打下，冬治自己被打的找不著北了扶著墻壁緩了一會(huì)才恢復(fù)大腦的清醒。
真嗣：你沒(méi)事吧。
冬治：沒(méi)，沒(méi)事。
真嗣：沒(méi)事就好，不過(guò)剛剛那一拳打的還挺爽的，要不再來(lái)一下。
冬治：別別別，一下我都扛不住了，再來(lái)一下我怕得去ICU搶救了。
兩人大笑起來(lái)，卻不知綾波麗正在遠(yuǎn)處注視著真嗣。
夏天，學(xué)校的體育課安排女生在游泳測(cè)試，男生輪流跑步測(cè)試。在一旁的休息位上，一群男生看著遠(yuǎn)處游泳池那的女生，此時(shí)的女生都在說(shuō)那群男生下流，當(dāng)真嗣轉(zhuǎn)過(guò)頭看她們的時(shí)候便齊聲喊到“碇！”
但真嗣沒(méi)有理會(huì)他們，這時(shí)真嗣注視著綾波麗一個(gè)人。真嗣想要了解一下這位跟自己同為駕駛員的女孩，真嗣調(diào)查到了一點(diǎn)資料。
綾波麗，15歲，馬爾杜克報(bào)告書(shū)所選出的第一位適格者，第一少女，是試作型EVA零號(hào)機(jī)的專屬駕駛員，過(guò)去的一切皆為空白。調(diào)查出的資料里還寫(xiě)著零號(hào)機(jī)曾一度失控過(guò)，強(qiáng)行彈出插入栓后插入栓從高處掉落，真嗣的父親忍著疼痛將插入栓艙門(mén)打開(kāi)，救出綾波。因此，零號(hào)機(jī)暫時(shí)被凍結(jié)，而最近零號(hào)機(jī)的重啟實(shí)驗(yàn)進(jìn)行的非常順利，零號(hào)機(jī)將重返戰(zhàn)場(chǎng)。
一天，同步率測(cè)試完畢后，初號(hào)機(jī)運(yùn)回到原來(lái)擺放的位置，真嗣在里面想著綾波麗為什么總是一個(gè)人，是不喜歡與人親近還是社恐，想著想著真嗣看到了對(duì)面擺放零號(hào)機(jī)的位置那里，自己的父親居然和綾波聊的非常開(kāi)心，真嗣懵逼中...
在一家飯店里，美里跟赤木聊著真嗣。
赤木：和他住一起后生活怎么樣。
美里：沒(méi)怎么，適應(yīng)了不少。
赤木：你在緊張？反正你也不是第一次和男生同居。
美里：拜托，這又不是談戀愛(ài)，不一樣好嗎。
赤木：那可不一定，真嗣說(shuō)不定是個(gè)戀姐的。
美里：他應(yīng)該沒(méi)有這種癖好吧。
赤木：時(shí)間不早了，先走了。
美里：你還是一如既往的是個(gè)工作狂啊。
赤木：對(duì)了，給你個(gè)東西，這時(shí)真嗣的正式卡和綾波是新卡，剛我忘記給了，麻煩你轉(zhuǎn)交一下。明天讓真嗣給綾波送去吧。
美里：沒(méi)問(wèn)題。
夜晚，真嗣躺在床上拿著綾波的卡，思考著為什么自己父親會(huì)對(duì)她如此熱情，然后沒(méi)想通，就去睡了。到了第二天，真嗣去了綾波家，他站在綾波家門(mén)口臟臟的走廊上，按了按門(mén)鈴，但是沒(méi)響，然后試了一下，門(mén)是開(kāi)的，沒(méi)有上鎖，真嗣決定進(jìn)去看看。
真嗣走進(jìn)了綾波的房間，地板十分的臟，窗簾一直是拉著的，墻壁也是十分的老。真嗣望了望四周，發(fā)現(xiàn)床邊的桌子上有一副眼鏡。
真嗣：這是綾波的嗎？
真嗣拿起眼鏡帶上，此時(shí)的凌波從浴室里出來(lái)了，她還裸著體就出來(lái)了，當(dāng)看真嗣帶著那副眼鏡時(shí)就立刻上前把眼鏡拿了回來(lái)，一時(shí)沒(méi)站穩(wěn)兩人都倒下了，真嗣壓在綾波上面不知所措，直到綾波說(shuō)“可以讓開(kāi)嗎”才回過(guò)神來(lái)。綾波穿上衣服，真嗣在一旁解釋著今天到她家的目的，當(dāng)真嗣拿出卡給綾波時(shí)，綾波已經(jīng)走了。
真嗣：誒？人呢？
真嗣立刻跟了上去，一路跟在綾波后面，到了NERV，綾波想刷卡進(jìn)入，但是沒(méi)有，綾波又刷一下，還是沒(méi)有，真嗣刷了新卡，說(shuō)“這是你的新卡，侓子小姐忘了給你”綾波一把奪過(guò)，真嗣懵逼中...
在電梯里，真嗣問(wèn)了綾波問(wèn)題。
真嗣：那個(gè)，你不害怕嗎？
綾波：害怕什么。
真嗣：不害怕下次再駕駛EVA嗎？
綾波：為什么這么問(wèn)。
真嗣：我聽(tīng)說(shuō)你上次實(shí)驗(yàn)受傷了，所有才問(wèn)的。
在一系列的交談中，綾波問(wèn)真嗣信不信自己父親的工作，真嗣回答不相信，因?yàn)樽约簭男【捅粧仐?，如今還是那副鬼樣子，怎么能讓人相信。綾波聽(tīng)后轉(zhuǎn)身走向真嗣，讓后給了真嗣一巴掌然后就離開(kāi)了。
此時(shí)使徒再次出現(xiàn)......
序-3-完