自己的搭檔王國(guó)寶死了，司馬道子心里很難受，自己作為萬(wàn)人之上的東晉掌門人，都讓那個(gè)自以為是的喜歡指手畫腳的前國(guó)舅爺在世人面前把自己的面子丟盡了。
司馬道子咽不下這口氣，又開始物色新的能出謀劃策的人。思來想去曾經(jīng)接替謝玄的司馬恬文韜武略俱佳，他的兒子司馬尚之不就是合適的人選嗎？
受到皇叔的接見，司馬尚之感激涕零進(jìn)言道：“王恭手無(wú)縛雞之力，他之所以牛弊哄哄全仗著手里的兵權(quán)，那些外藩能帶兵打仗的，關(guān)鍵時(shí)刻還得是自己人才行。你可以把王國(guó)寶的弟弟王愉任命為江州刺史，并把屬于庾楷的豫州四郡讓王愉來都督，盡快培植自己的軍事勢(shì)力。”
司馬道子說：“你說的太對(duì)了。王恭的妹妹雖為皇后，但已經(jīng)死了，他的妻弟雖為皇帝，也死了。他就是個(gè)搖搖欲墜的空架子。他竟然不知天高地厚，仗著手中的權(quán)利如此妄自尊大。你好好干，王國(guó)寶原來的頭銜都?xì)w你了?！?p> 明明是王恭和王國(guó)寶斗法，庾楷卻遭殃了，招呼都沒打就被割了四個(gè)郡，這樣下去還有活路嗎？他立即派兒子去找王恭訴苦。
王恭一聽，當(dāng)即就氣炸了，庾楷貴為士族子弟，卻受到如此不公平的對(duì)待，這不是殺雞儆猴嗎？！剛把王國(guó)寶處死，又扶起來一個(gè)王國(guó)寶的弟弟，這不是換湯不換藥，成心糊弄我嗎？！
王恭是一個(gè)認(rèn)真的人，索性一不做二不休，立刻聯(lián)系好友桓玄與殷仲堪，相約帶兵立即向建康進(jìn)發(fā)。
府司馬劉牢之私下對(duì)他說：“現(xiàn)在皇帝孱弱，國(guó)家大事司馬道子父子說了算，僅僅調(diào)撥個(gè)官員，無(wú)明顯的天怒人怨的罪證，你就興師動(dòng)眾，給人感覺有點(diǎn)小題大做，此事還需從長(zhǎng)計(jì)議?！钡豕笨戳算额^愣腦的劉牢之一眼，沒有搭腔，心想：你懂個(gè)屁呀，司馬道子父子禍亂朝政，難道讓我袖手旁觀不成？于是親自寫了討伐檄文即刻起兵。
劉牢之對(duì)于王恭鄙夷不屑的神情非常氣憤，自己久經(jīng)沙場(chǎng)，深知妄動(dòng)干戈乃兵家大忌，草率從事命不久矣。對(duì)于王恭帶兵與司馬道子對(duì)抗不以為然。
面對(duì)王恭咄咄逼人的攻勢(shì)，年近二十歲的司馬元顯年輕氣盛，不愿忍氣吞聲，他自告奮勇為征討都督，率領(lǐng)諸軍堅(jiān)決抵抗。
王恭是皇親國(guó)戚，加上剛成功逼馬道子殺王國(guó)寶，趾高氣揚(yáng)，恃才放曠，根本沒把司馬元顯當(dāng)回事。
司馬元顯明里調(diào)兵遣將要來硬的，暗地里命人暗中策反劉牢之來陰的。他派和劉牢之有交情的人傳話，“事成之后，他上司王恭位號(hào)全歸到他的名下。”劉牢之欣然答應(yīng)了。
劉牢之可不是一般人物。他深沉剛毅，足智多謀。他是謝玄鎮(zhèn)守廣陵時(shí)選中的猛士的代表。他曾做為參軍，率精銳之師作前鋒，在洛澗之戰(zhàn)以五千對(duì)梁成二萬(wàn)兵馬，毫無(wú)懼色，斬殺俘獲對(duì)方萬(wàn)余人，為淝水之戰(zhàn)的勝利立下了赫赫戰(zhàn)功。在一般人眼里是戰(zhàn)神一樣的存在。而今他卻暗地要背叛上司！
王恭的參軍何澹之把劉牢之與司馬元顯密謀的事及時(shí)告訴了他。
王恭心想：何參軍，你是不是和他有仇啊？他乃名門之后，是頂天立地的戰(zhàn)場(chǎng)猛將，你看他那又紅又紫的臉，像是蠅營(yíng)狗茍之輩嗎？
于是設(shè)酒宴款待劉牢之，當(dāng)著大家的面和他稱兄道弟，并將手下精兵都交給他，讓他做前鋒，一定要給司馬元顯一個(gè)厲害瞧瞧。
誰(shuí)知?jiǎng)⒗沃浑x開駐地就殺死帳和自己意見不一的主將并投降司馬元顯，同時(shí)命令兒子劉敬宣和東莞太守高雅之對(duì)王恭進(jìn)行圍追堵截。
王恭是連馬都騎不慣的文官，內(nèi)部反叛，猝不及防，走投無(wú)路，很快被押送建康處斬。
他臨死前手撫胡須面不改色大義凜然地說：“我看錯(cuò)了人，才有今日之?dāng)?，但我是忠于?guó)家忠于社稷的！和我對(duì)抗的人不會(huì)有好下場(chǎng)的！”作為堂堂的國(guó)舅爺，死后司馬道子命令官兵們興沖沖地去抄他的家，發(fā)現(xiàn)家里既沒有錢財(cái)也沒有布帛，只有幾摞書籍?dāng)[在那里。大家面面相覷張口結(jié)舌，在貪腐成風(fēng)的東晉這真是破天荒第一個(gè)呀！
王恭死后，低級(jí)將領(lǐng)劉牢之代替王恭接管兗州等八個(gè)州的軍事，一下子占據(jù)了王恭的顯赫職位?；感热丝床粦T了，率領(lǐng)部下到了京師，請(qǐng)求朝廷誅殺兇手劉牢之，還王恭以公道。
劉牢之聽說后不敢怠慢，率著北府兵也奔赴京師示威，司馬道子一看，這是要魚死網(wǎng)破的陣勢(shì)呀，便打呵呵說道：”人死不能復(fù)生。死了的已經(jīng)死了，再打起來還會(huì)死更多的人。說來說去都是自己人，大家還是散了吧?！被感蛣⒗沃疾桓矣辛畈粡模谑窍群笸吮?。
司馬元顯打敗了王恭，看見父親司馬道子酒色無(wú)度弄壞了身體，整天病怏怏的，還每天喝的醉醺醺的繼續(xù)放縱自己。于是想法讓朝廷允許自己提前接班，出任揚(yáng)州刺史要職，并讓皇帝的弟弟司馬德文做自己的司徒，準(zhǔn)備在軍事領(lǐng)域大展拳腳。
399年，司馬元顯下令強(qiáng)征江東八郡“免奴為客者”服兵役，這些人好不容易從官奴熬成了免稅的蔭客，根本不愿意上戰(zhàn)場(chǎng)賣命，所以司馬元顯此舉捅了馬蜂窩，弄得人心惶惶，民怨沸騰。
孫恩的叔叔孫泰曾經(jīng)為會(huì)稽王司馬道子做事，后來成為五斗米道的教主，見王恭舉兵對(duì)抗朝廷，他認(rèn)為晉朝大廈將傾，于是借機(jī)舉事，被人高告密被捕，讓司馬道子殺了。
孫恩躲在舟山群島活了下來，一直想為叔叔報(bào)仇，今日看見百姓有騷動(dòng)，便率領(lǐng)教徒鬧事，各地被強(qiáng)令去當(dāng)兵的奴客和廣大破產(chǎn)農(nóng)民紛紛響應(yīng)；失去奴客的地主因也趁機(jī)煽風(fēng)點(diǎn)火推波助瀾，很快孫恩部眾增加至數(shù)十萬(wàn)人。
百姓造反猶如森林失火，在開始火勢(shì)小的時(shí)候還有熄滅的可能，于是朝廷急忙派兵想方設(shè)法剿滅。