數(shù)十年過去，魔族發(fā)動了數(shù)次抵抗，每一次都被鎮(zhèn)壓下去，魔界的魔力越來越少，逐漸難以支撐魔族的活動。正如卡貝勒斯所想的那樣，魔族開始成片死亡，死的時候連反抗的力氣都沒有，絕望彌漫在魔界，為惡魔帶來了豐富的能量。
接著是人類，人口大爆炸使得社會不穩(wěn)定，矛盾開始加劇，最終演變成戰(zhàn)爭。等他們察覺到?jīng)]有新生兒出生時已經(jīng)太晚了，因戰(zhàn)爭而死的人不計其數(shù)，剩余人口在廢墟中茍延殘喘。負面力量讓位于魔界的惡魔更加強大，大量的異教徒因吸收負面力量而成為深淵領主和大惡魔，直至人類滅亡，卡貝勒斯已經(jīng)組建了一支不靠任何裝備就可以完成復仇大計的惡魔軍團。
卡貝勒斯以魔界作為兵營，又將世界內(nèi)的異教徒多余人口移民至人間，在地獄建立屬于他的循環(huán)：異教徒間相互競爭，死者在魔界重生為惡魔，惡魔間相互廝殺，死者又將在人間重獲新生。這樣的循環(huán)導致在這個世界搞科研幾乎不可能，于是科研團隊和大部分工廠都留在第一地獄世界，這邊只有戰(zhàn)士和罪犯。
卡貝勒斯率領惡魔大軍回到亞山，在與奪取他地位的惡魔領主決斗后，他重新占據(jù)了亞山惡魔區(qū)的主導權。隨后，他向血色黎明的統(tǒng)治者申請除亞山之外的地獄世界自治，得到許可后，他開始安心在兩個地獄世界發(fā)展自己的勢力，并公開和血色黎明進行技術交換，開始向著太空發(fā)展延伸。
在他們逐漸發(fā)展壯大，開始在太空建立殖民地時，奇跡探險隊找到了一些有趣的東西。一個能滿宇宙折躍的生態(tài)改造器，改造速度遠超機械教現(xiàn)有技術。目前只有一種選項，但如果機械教能夠順利奪取它，稍微校準參數(shù)，一下造出卡塔昌這樣的叢林世界也不是不可能。
亞當正在其內(nèi)部進行侵入，但效果不太理想，而且這里不止他們，還有一個文明覬覦著這臺生態(tài)改造器。他們稱改造器為希瓦主機，其本身擁有可以迅速制造大量裝甲部隊的科技，還有先進的廢料回收技術。
機械教希望亞當獲取更多情報，必要時動用武力奪取科技。一個智控軍團隨時待命，只要亞當一聲令下，機械教的艦隊就會抵達，智控軍團會精確打擊敵人，并掠奪他們的科技。依諾已經(jīng)潛入進敵方研究基地內(nèi)部，正在尋找主計算機。
她轉了幾圈了，好多地方都重復走過幾遍，但她仍然沒有發(fā)現(xiàn)主計算機，唯一一個看起來像主計算機的地方連接的是一個腦子。如果這里的主計算機就是這個腦子的話，那依諾覺得可以直接呼叫智控軍團了，以人類的角度來說，人腦指揮陣列這種事是很難接受的。
她與腦子的外接數(shù)據(jù)接口連接在一起，得到了情報。這腦子確實是這里的主計算機，但他是自愿的，他將AI設備植入大腦改造自己，更方便地管理他手下的一切。他擁有自我意識，所以在依諾入侵進來的時候他便拉響了警報。
依諾來不及下載資料，只能撤退，飛船上升到近地軌道，但這不夠安全。就對方的科技水平看來，扔兩艘太空戰(zhàn)艦上來并不難，而他們這邊就只有一艘維修艦，雖然有點自衛(wèi)火力但也不是硬剛戰(zhàn)艦用的。依諾滲透失敗，想要奪取科技只能讓智控軍團入場進行強攻。這樣也可能拿不到全部科技，對方可不是傻子，逼急了是可以把所有資料都刪掉的。
但智控軍團還是入場了，機械教不想放棄這里的科技，他們最少都要帶走一臺指揮機器人和希瓦主機。一個艦隊出現(xiàn)在星球上空，臨時基地被運送至地表，空降部隊開始強攻研究基地。這時又來了另一個指揮官，那個指揮官使用的科技與地表上的研究基地相同，但他們似乎不是援軍。因為他們一來就兩邊一起打，場面最終演變成了三方大混戰(zhàn)。
新來的指揮官擁有更多的兵力，在進攻研究基地之余，他有足夠的兵力牽制智控軍團。智控軍團不得不將大部隊留著對付這位指揮官，放緩進攻研究基地的攻勢。這導致研究基地有足夠時間保存所有資料并逃脫，在他們逃走前，整個研究基地自毀了。
機械教命令智控軍團派出一個師的兵力順著傳送痕跡進行追擊，剩余部隊全力進攻那個來攪局的指揮官，勢必要拿下他手里的指揮機器人。追擊部隊在路上找到了一個被他們占據(jù)但沒有守衛(wèi)的服務器，幾個技術神甫留下來破譯服務器里的數(shù)據(jù)，其余部隊繼續(xù)追擊。
他們追到另一個研究基地，這個研究基地也同樣被圍攻著，不過這次圍攻的卻是和他們風格完全不同的部隊，數(shù)量同樣不容小覷。智控軍團在這里的兵力只夠暫時拖住敵人，完全沒有余裕去搶奪研究基地，這樣下去他們可能又會帶著數(shù)據(jù)逃走。機械教在那個星球增派了幾艘戰(zhàn)艦，上面搭載著很多泰坦，在智控軍團阻擋敵人時，泰坦會全力進攻研究基地，強行帶走里面的數(shù)據(jù)。
此時智控軍團主力部隊報告遭遇了新的敵人，其描述與這邊遭遇的新敵人一致。目前主力部隊已經(jīng)靠強大的天基火力壓制住了敵人，第一臺指揮官機器人已順利奪取，依諾殺死了一位指揮官。另一位指揮官仍在抵抗，不過等技術神甫搞明白指揮官機器人的運作模式，他們就可以用那些失控的部隊攻擊他了，局勢將進一步向機械教傾倒。
由于一位指揮官倒下，智控軍團得以抽調(diào)更多的兵力支援另一個戰(zhàn)場。泰坦攻破了研究基地的防線，技術神甫帶著一部分教徒突入研究設施，開始下載資料。敵方指揮官機器人被泰坦擊毀時發(fā)生了劇烈的核爆炸，毫無防備的泰坦遭受了不小的損失。這個情報迅速通過網(wǎng)絡傳到其他智控軍團那邊，他們會在進攻另一位指揮官時小心一點。
或許是覺得自己處于嚴重的劣勢，進攻兩個研究基地的敵人同時撤退了，機械教得以在這個空檔專心破譯文件。文件顯示，進攻研究基地兩個指揮官分別來自“塞布蘭”和“萬古啟示”，而他們奪取到的指揮機器人是塞布蘭產(chǎn)物，研究基地也同樣屬于塞布蘭。而位于希瓦主機旁邊的研究基地是塞布蘭領袖古斯塔夫博士的基地，被指揮官機器人殉爆炸死的那位是古斯塔夫的繼承人。還有一個統(tǒng)一地球聯(lián)邦沒出現(xiàn)在戰(zhàn)場上，但可以估計的是這個勢力的勢力絕不會比另外兩個弱。這三個勢力為了防衛(wèi)另一個外星人勢力的入侵組成了防御同盟，雖然聯(lián)盟搖搖欲墜，但不難推斷另一個勢力的猛攻會讓他們的聯(lián)盟重新穩(wěn)固。
機械教現(xiàn)在有兩個選擇，一個是把搶到的東西打包帶走，二是繼續(xù)侵略，他們會收獲更多的科技，但同時要面對至少和兩個勢力死磕的局面。機械教結合現(xiàn)有情報估算了一下，在不使用神力的情況下，想要把三個勢力全部征服，需要消耗機械教大半的兵力。毫無疑問，帝國會在這時候落井下石，到時候機械教的情況就會雪上加霜。
因此機械教決定撤退，情報顯示這三個勢力都沒有跨越虛空的能力，而他們手頭拿到的科技已經(jīng)足夠他們發(fā)展一陣了。等到他們能邁出虛空，機械教再去殲滅他們不遲。他們帶走了能帶走的東西，帶不走的上傳數(shù)據(jù)就地銷毀。技術神甫們找到了希瓦主機的引擎啟動方式，希瓦主機順利升空并跟隨艦隊撤離。