1912年，空中浮城哥倫比亞突然在公眾的視線中消失了。這座城市由幾個空中浮島組成，島之間用橋梁和貨運帶連接。全世界都知道哥倫比亞。哥倫比亞是由美國政府建造，它環(huán)繞著世界飛行，時刻向世人提醒美國的強大。

　　1912年，伯克·德維特被盧特斯雙胞胎帶到了緬因州外海的一個小島燈塔上，建筑里設(shè)有可通往哥倫比亞的火箭筒倉，他的任務(wù)是“找回女孩，抵消債務(wù)”。

　　伯克一開始在哥倫比亞是沒人注意的，直到他手上烙印的字母“AD”被人發(fā)現(xiàn)，虛假的牧師標志，康姆斯托克預(yù)言假牧師會誤導(dǎo)羔羊（伊麗莎白）會給哥倫比亞帶來毀滅。成了通緝犯的伯克一路殺向了關(guān)押伊麗莎白的紀念碑塔，沿途發(fā)現(xiàn)其基部有一臺大型的虹吸裝置。救出伊麗莎白后，鳴禽攻擊并破壞了雕像的一部分，伯克和伊麗莎白逃了出來，伯克以搭乘飛艇前往伊麗莎白向往的巴黎為由向碼頭轉(zhuǎn)移，當伯克將飛艇目的地指向紐約意圖交付伊麗莎白時，她拿扳手擊暈了他。他醒來時發(fā)現(xiàn)飛艇已被黛西·費澤洛伊和人民呼聲所控制，費澤洛伊要求伯克找回哥倫比亞貧民窟的武器，再把飛艇歸還。

　　伯克與伊麗莎白再次會合后向城市深處冒險。當伊麗莎白使用她的能力操控裂境時，她對操控伯克以及其他人的實際情形所產(chǎn)生的后果感到不安。一個裂境引導(dǎo)他們到了另一個世界，在那里，伯克已成為人民呼聲事業(yè)的烈士，導(dǎo)致人民呼聲與開國者交戰(zhàn)。這個世界的費澤洛伊認為伯克損害了這個世界的伯克的犧牲，威脅了人民呼聲的事業(yè)，所以讓她的軍隊追捕他。當費澤洛伊準備處決一個開國者兒童時，伊麗莎白被迫殺了費澤洛伊。

　　他們準備乘飛艇離開哥倫比亞時，遭到了鳴禽的攻擊，墜回了哥倫比亞。當他們繼續(xù)逃生時，他們揭開了這個城市背后的陰謀，康姆斯托克收養(yǎng)伊麗莎白以培養(yǎng)成城市的領(lǐng)導(dǎo)者，他讓盧特斯雙胞胎制造虹吸裝置制服伊麗莎白的能力，他密謀謀殺他的妻子以隱瞞真相，并將此歸咎于人民呼聲。伊麗莎白被鳴禽抓回了康姆斯托克宅邸，伯克跟隨到那里但被傳送到了未來，老年的伊麗莎白由于伯克的營救失敗而遭受了幾十年的酷刑和洗腦，她繼承了康姆斯托克的事業(yè)，發(fā)動了對下面世界的戰(zhàn)爭。她向伯克表明，在過去鳴禽總會阻止他的營救行動，并懇求伯克利用她所提供的方式控制鳴禽以阻止這種未來的發(fā)生。

　　伯克回到了現(xiàn)實世界，繼續(xù)營救伊麗莎白，追隨到了康姆斯托克的飛艇。康姆斯托克要求伯克向伊麗莎白解釋她的過去，為什么伊麗莎白少了個手指。伯克被激怒了并淹死了康姆斯托克，他否認自己知道關(guān)于伊麗莎白手指的事，但她聲稱，他知道，但不記得了。伯克決定破壞虹吸裝置，讓伊麗莎白可以獲取她的全部能力并了解真相，他控制著鳴禽，擊退了人民呼聲的襲擊，讓鳴禽破壞了虹吸裝置。當設(shè)備被破壞時，鳴禽試圖攻擊伯克，伊麗莎白及時打開了一個裂境，把他們傳送到了海底城市，伯克和伊麗莎白安全的在建筑內(nèi)，但鳴禽困在了外面，被巨大的水壓壓死。

　　伊麗莎白帶伯克來到了這個世界的上面和燈塔。他們通過一扇門來到了時間與空間以外的地方，有著無數(shù)燈塔和其他版本的伊麗莎白與伯克。伊麗莎白解釋說，他們是無限數(shù)量的世界中既相似又因不同選擇而大不同的一員。她展示了1893年10月8日，羅伯特·盧特斯代表康姆斯托克接近伯克，要求他“給我們女孩，抹去債務(wù)”，指的是伯克的女兒安娜·德維特——伯克手上銘刻的“AD”。伯克不情愿地同意出售安娜，但很快就改變了主意，他去阻止康姆斯托克通過裂境逃離，但太晚了，裂境關(guān)閉時切斷了孩子的手指。康姆斯托克后來提出安娜作為他的女兒伊麗莎白。由于斷指，伊麗莎白同時存在于兩個世界，這讓她可以隨意創(chuàng)造并打開裂境。后來，羅伯特對于伊麗莎白的待遇以及康姆斯托克的背叛感到憤怒，說服羅莎琳幫他把伯克帶到存在哥倫比亞的世界。

　　伊麗莎白解釋說無論伯克怎樣對抗康姆斯托克，康姆斯托克仍然在這些世界的至少一個中活著；盧特斯無數(shù)次試圖從不同世界中招募伯克以結(jié)束這個循環(huán)。打破這個循環(huán)的方法是防止康姆斯托克的誕生。伊麗莎白帶伯克來到了以清洗傷膝河戰(zhàn)役所犯下的罪行而接受洗禮的地方。伯克在最后一刻拒絕了洗禮，而在另一個世界中，他接受了洗禮，建立宗教，成為康姆斯托克。康姆斯托克，知道他的本體是伯克，當他暴露在盧特斯的技術(shù)下時導(dǎo)致自己失去了生殖能力，然后就策劃綁架安娜作為跟自己有血緣關(guān)系的哥倫比亞繼承人。伯克跟伊麗莎白加入了來自其他世界的伊麗莎白們，伯克允許她們淹死他，防止他的選擇導(dǎo)致康姆斯托克的誕生。最后，伊麗莎白一個接一個的消失，屏幕切回開始時的黑色。