民國廿六年八月十三日，日本皇軍全面進攻上海，上海守軍奮起抗戰(zhàn)。杜月笙以中國紅十字會總會副會長的名義，聯(lián)合了社會各團體組織上海市救護委員會，于此同時并成立救護隊10隊、急救隊13隊、臨時救護醫(yī)院24所，征集救護汽車98輛，并特約公、私醫(yī)院16所收容受傷軍民。據(jù)統(tǒng)計，杜月笙所領導的救護輸送醫(yī)療工作，共救護了抗日受傷軍民44398人。
此后，杜月笙又籌劃在松江、昆山、蘇州、無錫、杭州、南京等地設立重傷醫(yī)院，每年醫(yī)院少則收治傷員二三百人，多則達到三四千人。在南京淪陷之后，中國紅十字會總會及各地工作人員大多撤退到漢口。杜月笙親自乘飛機到漢口，與政府有關部門統(tǒng)一商定救護方針，在漢口成立臨時救護委員會，設置醫(yī)療隊37隊，后因需要逐漸增加至178隊，共有工作人員近3000人。據(jù)資料統(tǒng)計，至抗戰(zhàn)結束，紅十字會所救護的軍民總數(shù)已達260萬人。這一可觀的成績，與紅十字會廣大工作人員的努力分不開，但杜月笙在其中的領導作用不容忽視。救護工作所需的物資、車輛，許多都出于杜的號召，也不排除他自己的“毀家紓難”。在這一點上，他號召他所能影響的團體包括他的幫會組織捐助抗戰(zhàn)，是起了很大作用的。在抗戰(zhàn)中，他堅持在上海，包括參加抗敵后援會工作，直至十一月上海淪陷，他才秘密撤退。
在上?？箲?zhàn)中，杜先生與戴笠共同創(chuàng)建了一支一萬人的武裝游擊部隊，配合正規(guī)軍，參加抗戰(zhàn)。
杜月笙在上?？箲?zhàn)中所辦的另一件大事便是與戴笠共同創(chuàng)辦了“蘇浙行動委員會別動隊”參加抗戰(zhàn)。盡管戴笠一生以與****作斗爭為己任，但在抗戰(zhàn)中，他的思想傾向基本屬于黃埔系中主戰(zhàn)的少壯派軍人陣營，在這一點上，“人之愛國，誰不如我”的杜月笙與他是一致的。兩人本來即為摯友，在抗日這一點上又有共識，所以兩人商定在上海建立一支1萬人的武裝游擊部隊，以幫會和工人為基礎，配合正規(guī)軍作戰(zhàn)，并負責肅諜防奸等工作。杜月笙自己出錢捐贈了5000支快慢機手槍，又利用自己的社會影響力，動員了幫會成員、工人、學生、店員、失業(yè)青年入伍。十月，這支僅以一月時間倉促成立的游擊部隊，在上海南市和蘇州河兩岸配合正規(guī)軍與日寇作戰(zhàn)，盡管作戰(zhàn)力差，但大多成員異常英勇頑強，為中華民族抗戰(zhàn)作出了犧牲。據(jù)事后統(tǒng)計:別動隊戰(zhàn)死兵共1500人以上，受傷500余人。據(jù)說，杜月笙頗為悲痛，他哀憐那些為國捐軀的青年，其中很多人是他的徒弟。
民國廿六年十一月中旬，打了三個月的淞滬之戰(zhàn)落幕了。****撤退，日軍進入了上海，上海淪陷。
上海街頭人潮亂涌，在慌亂的人群里，仇默存遇見了一個小女孩兒，當與這個小女孩兒四目相對時，有一種萬分不安的感覺在他心中款款升騰起來。這個世界充滿了暗示和邏輯聯(lián)系，這些聯(lián)系簡單明了，人們卻常視而不見。仇默存知道眼前將有一場驚天動地的廝殺在等待著自己的部署——幫助杜先生傳達指令給七個地下工作者，聲東擊西，炸毀了日本人的彈藥船，運出醫(yī)藥船和其他重要物資。此時的他清楚心中那些虛無縹緲的感覺是最多余不過的，仇默存收回了目光與這小女孩兒擦肩而過，卻有一個聲音在心底告訴他：這個女孩子，會再出現(xiàn)的。
上海淪陷后，杜先生拒絕了日本人的拉攏，遷居到了香港。在香港，他利用幫會的關系，繼續(xù)活動。他擔任中國紅十字會副會長、賑濟委員會常務委員和上海黨政統(tǒng)一工作委員會主任委員，從事情報、策劃暗殺漢奸等活動。其中最著名的是，他在上海的門徒協(xié)助軍統(tǒng)特務刀劈了大漢奸、偽上海市長傅筷庵。
民國廿七年的春天，中國紅十字會總會理事室遷移到了香港，杜先生親自出面主持工作，并設立總辦事處，以接受海外捐助的物資，并同時籌措救護事業(yè)的經(jīng)費?？梢哉f，杜月笙此時是非常辛勞的。當時，國民黨政府還設有中央賑濟委員會?！鞍?一三”抗戰(zhàn)后，******安排杜月笙為該會常委，負責粵、桂、閩三省稱第九救濟區(qū)工作。為了提高效率、工作方便，杜月笙將第九救濟區(qū)辦事機關與中國紅十字會機關合設于香港九龍柯士甸道他的宅寓也在此，并在香港最大的飯店辟有房間，專與各方接觸。
在當時，海外僑胞對抗戰(zhàn)捐助的物資及對難民的救濟品，都由杜月笙接收運往漢口或重慶。同時，杜還負責與戴笠合作布置向淪陷區(qū)搜集情報及鋤奸策反工作。據(jù)說，上海另一幫會頭目張嘯林投敵被暗殺，也與杜月笙有關。另外，轟動中外的高宗武、陶希圣脫離汪偽集團，并公布“汪偽密約”，也是杜月笙與戴笠共同策反的。
民國廿七年的夏天，日軍的入侵摧毀了城市中的各種公共衛(wèi)生設施，又造成大量戰(zhàn)爭難民無家可歸、露宿街頭，又加上適逢酷熱，保證了霍亂的在城市中疾速傳播的各項條件，使得上海瞬間在六七月份變?yōu)榭植赖幕魜y之城。這期間，城市中人心惶惶，政府手忙腳亂，醫(yī)界憂心忡忡，大批的人因為染上霍亂而死去，為了挽救城市，政府研究出了動員全民推行公共衛(wèi)生運動以控制霍亂流行的衛(wèi)生政策，并且逐步執(zhí)行，取得了意想不到的成效，
在抗戰(zhàn)的開始階段，海外物資大部分通過香港轉(zhuǎn)運國內(nèi)，都由杜月笙以紅十字會名義辦理接收、轉(zhuǎn)運，可以說他確實為抗戰(zhàn)事業(yè)做出了一些貢獻。直到民國廿九年香港淪陷后，杜月笙撤退重慶，主持紅十字會會務工作，辦理前方救護、后方空襲救護、醫(yī)療等工作。
民國三十一年，杜月笙籌建了重慶醫(yī)院，當時有床位300張，各科設備齊全，是當時最先進的戰(zhàn)時后方醫(yī)院，受到輿論的稱贊。另外，杜月笙在搜購、搶運戰(zhàn)略物資方面也做了大量工作。抗戰(zhàn)勝利后，杜月笙返回上海，督促上海復員工作，并協(xié)助恢復、加強了上海紅十字會分會的組織，對該會推進各種社會服務工作奠定了基礎。