此時(shí)的赤眉軍，就兵力數(shù)量而論，在天下諸侯當(dāng)中，當(dāng)然可以數(shù)一數(shù)二。然而，和以上三股勢(shì)力相比，在戰(zhàn)力上遠(yuǎn)遠(yuǎn)不足。當(dāng)赤眉軍放棄長(zhǎng)安之后，樊崇便率領(lǐng)他們進(jìn)入隴東高原，本以為從此可以天下廣大、任我遨游，哪知卻碰上了隗囂的隴西軍大將軍楊廣，其手下騎兵絲毫不弱于劉秀的幽州鐵騎。因而赤眉軍最終遭遇大敗，狼狽向東南方向逃竄而去，楊廣率領(lǐng)隴西軍一直將樊崇趕出了烏氏、涇陽(yáng)才鳴金收兵。
鄧禹見此，忙派兵進(jìn)剿赤眉軍，試圖劫回他們盜掘西漢陵墓之時(shí)所獲取的財(cái)物。哪知樊崇早就占據(jù)了天時(shí)地利，手握“番須口”這一一夫當(dāng)關(guān)萬(wàn)夫莫開的優(yōu)勢(shì)地位，直接威脅右扶風(fēng)西部的安危。于是，鄧禹所部與樊崇大軍在郁夷縣（在今陜西寶雞市虢鎮(zhèn)之西）交兵，無(wú)可置疑，西征軍大敗而歸。
鄧禹遭逢大敗，本應(yīng)該修身養(yǎng)性、整軍待命，然而此時(shí)的長(zhǎng)安卻因?yàn)榉绲慕俾佣毟F不堪，鄧禹數(shù)十萬(wàn)大軍，已經(jīng)斷糧多時(shí)。于是，鄧禹決定派遣軍隊(duì)去長(zhǎng)安城外找糧食。誰(shuí)知卻在南山腳下遭遇了漢中王劉嘉追趕的延岑殘部，又大敗。無(wú)奈之下，鄧禹只能暫時(shí)撤出長(zhǎng)安。
正當(dāng)延岑為自己獲勝而暗自竊喜之時(shí)，卻不料漢中王劉嘉竟然從背后殺出，兵敗之下，延岑只能向漢中王劉嘉乞降。原本劉嘉就是延岑的主公，只是為了自立，他才帶兵逃出。此番劉嘉念其戰(zhàn)功，故而并沒(méi)有責(zé)罰他，反而任命他為將軍。此后，劉嘉、延岑、李寶三人便準(zhǔn)備率領(lǐng)著十余萬(wàn)軍隊(duì)北上，屯兵陳倉(cāng)道口。哪知卻遭遇了赤眉軍，雙方大戰(zhàn)之下，赤眉軍不敵，就連大將廖湛也被敵人斬下頭顱。樊崇權(quán)衡之下，只能厲兵秣馬，沿著渭水東進(jìn)，徐圖攻取長(zhǎng)安。
他哪里知道，鄧禹剛剛遭遇連番大敗，早就撤出了長(zhǎng)安。赤眉軍冒著天寒地凍，進(jìn)入了一片瓦礫的長(zhǎng)安城中，后悔不已。甚至連士氣也受到影響，大到將領(lǐng)小到兵士，均生出了歸返故鄉(xiāng)的念頭。就在此時(shí)，鄧禹也率領(lǐng)部眾殺了回來(lái)，準(zhǔn)備借機(jī)撈上一把，打擊一下敵人的殘兵。只可惜，赤眉軍并沒(méi)有他想象的那么虛弱，不久，鄧禹便敗逃回云陽(yáng)，其手下將士也只剩下數(shù)千人，時(shí)局轉(zhuǎn)換得如此之快，實(shí)在是讓人難以相信。
而一邊的赤眉軍，卻并沒(méi)有像漢軍一樣，被延岑、李寶等人殺得大敗，真可謂是“天外有天、人外有人”了。此后，鄧禹又殺了漢中王部下前來(lái)請(qǐng)求聯(lián)合的李寶，只因?yàn)樽约哼B番失敗，李寶傲慢便犯下如此錯(cuò)誤。此后，鄧禹之?dāng)「且话l(fā)不可收拾。直到劉秀果斷任用馮異為征西將軍，代替鄧禹，才讓西線的戰(zhàn)事逐漸轉(zhuǎn)危為安。當(dāng)然，對(duì)于劉秀派遣馮異代替自己，鄧禹是很有意見的。馮異不過(guò)是半路降將，鄧禹則是一直跟隨劉秀的忠臣。因此，從心底講，他是不愿意自己大權(quán)旁落的。
馮異到達(dá)之后，鄧禹便命令部下出戰(zhàn)，攻打赤眉軍。其中，鄧弘為先鋒，馮異為后援，主要攻擊赤眉軍弘農(nóng)郡一部，敵人詐敗，鄧弘立刻上當(dāng)，急忙追擊，不料敵人調(diào)頭便猛烈地攻擊鄧弘，猝不及防之下，死傷無(wú)數(shù)。幸好馮異當(dāng)機(jī)立斷，率領(lǐng)自己帶領(lǐng)的數(shù)萬(wàn)將士殺出，才救下鄧弘、打退赤眉。
當(dāng)此之時(shí)，馮異急忙向鄧禹建議：“大司徒！末將以為我軍久戰(zhàn)，鋒銳已疲，不如撤退回營(yíng)，來(lái)日再戰(zhàn)不遲。”哪知鄧禹不聽，遂再次率軍出戰(zhàn)，而赤眉軍這邊，則高興不已，因?yàn)猷囉碛忠淮沃辛怂麄兊脑p敗之計(jì)。鄧禹一路追擊，直到回谿谷內(nèi)，遭到赤眉軍伏兵的猛烈攻殺。馮異為后援，當(dāng)他得到鄧禹追進(jìn)回谿之后，大驚失色。他久經(jīng)沙場(chǎng)，一看之下，便知曉鄧禹中了敵人的奸計(jì)，他擔(dān)心鄧禹有失，不顧自身安危，急忙率部也跟著進(jìn)去支援?？上?，等他到達(dá)戰(zhàn)場(chǎng)，鄧禹早就率領(lǐng)二十四人逃往宜陽(yáng)，余下數(shù)千將士都成了谷中之鬼。
一波未平一波又起，赤眉軍知曉敵軍必定會(huì)前來(lái)支援，便布下口袋陣，恰好馮異一頭扎入。幸得馮異機(jī)敏，一見之下，忙將部隊(duì)調(diào)頭，從山坡上沖出一條血路，最終逃回大營(yíng)。“大難不死、必有后福”，此言實(shí)在有理，此次一敗，可以說(shuō)都是拜鄧禹錯(cuò)誤的戰(zhàn)略戰(zhàn)術(shù)所致，馮異返回軍營(yíng)，毫不氣餒，積極備戰(zhàn)，同時(shí)向劉秀報(bào)告軍情，劉秀聞?dòng)崳啻鬄槌泽@，幡然醒悟不該派遣鄧禹前去征西。滄海橫流方顯英雄本色，劉秀于危難之時(shí)，毅然決定，相信馮異的實(shí)力，放赤眉軍東進(jìn)。馮異亦不是一個(gè)省油的燈，他決意要報(bào)回谿一敗之仇，下令緊閉營(yíng)門，堅(jiān)壁清野，不許部下出戰(zhàn)。同時(shí)，他又暗中下令四處搜羅在回谿一戰(zhàn)失散的殘兵敗將，盡可能地讓他們歸隊(duì)。很快，就有兩萬(wàn)多人聚集到他的麾下。于是，馮異忙向樊崇下戰(zhàn)書，會(huì)獵于野。這一戰(zhàn)，首先樊崇便比較輕視馮異，其次，馮異漢軍則是知恥而后勇，他們?cè)隈T異這一位當(dāng)世名將的帶領(lǐng)下，以區(qū)區(qū)兩萬(wàn)人馬，殺得樊崇三十萬(wàn)大軍大敗而逃。馮異當(dāng)即率領(lǐng)大軍追擊，到了崤山一帶，馮異追上了赤眉軍。
崤山是古代最為著名的戰(zhàn)地之一，以山高谷絕，峻坂迂回，形勢(shì)險(xiǎn)要而聞名天下，是關(guān)中三輔至中原諸郡的天然屏障。此山中間有南、北二崤道，亦稱南陵、北陵。南陵為夏后皋之墓，北陵有周文王避風(fēng)雨臺(tái)遺址。也是孟嘗君靠著“雞鳴狗盜”之處，也是老子西行之地。此番被漢軍追擊，狹長(zhǎng)的古道上，赤眉軍單面應(yīng)敵，而且后退的極為緩慢，在馮異強(qiáng)有力的攻擊之下，赤眉軍再次大敗，無(wú)力再戰(zhàn)，大量士兵放下武器，向漢軍繳械投降。樊崇見大勢(shì)已去，只好拋棄了老弱眷屬，率領(lǐng)主力狼狽不堪地向正東方向逃竄。
到此，樊崇才真正領(lǐng)略了馮異的厲害。率領(lǐng)二十萬(wàn)赤眉?xì)堒?，逃到宜?yáng)境內(nèi)。從華陰到崤山，再到澠池，最后到新安，馮異與樊崇的這一場(chǎng)大戰(zhàn)終于勝利結(jié)束。經(jīng)此一役，馮異俘獲赤眉軍男女八萬(wàn)余人，可謂大獲全勝。雖然這場(chǎng)會(huì)戰(zhàn)，單以規(guī)模而言，不能與昆陽(yáng)之戰(zhàn)相提并論，但是它的戰(zhàn)略意義卻極為重大。馮異亦通過(guò)這場(chǎng)阻擊戰(zhàn)，再次展現(xiàn)了他非凡的膽略和高超的用兵技巧，以兩萬(wàn)人馬，將樊崇的三十萬(wàn)大軍殺得四散奔逃、潰不成軍，赤眉三分之一的重要骨干成員在戰(zhàn)役中被消滅，不得不說(shuō)，這是一個(gè)驚人的奇跡。從此，樊崇的赤眉軍主力遭到了重創(chuàng)，其壽終正寢之日已經(jīng)不遠(yuǎn)。
劉秀早就在宜陽(yáng)布置下數(shù)十萬(wàn)大軍，以逸待勞，當(dāng)樊崇二十萬(wàn)殘軍到達(dá)宜陽(yáng)之時(shí)，看見眼前突然出現(xiàn)的數(shù)十萬(wàn)威武大軍，嚇得心膽俱裂。只見劉秀親自統(tǒng)率六軍，大擺兵陣，大司馬吳漢的精兵列隊(duì)在陣前，中軍隨后，驍騎、武衛(wèi)兩軍分別列陣在左右兩側(cè)。赤眉軍看到這種陣勢(shì)之后，都感到震驚和恐怖。樊崇一世英雄，縱橫天下，所向無(wú)敵，此番剛剛遭受馮異的猛烈攻擊，兵敗如山倒，讓樊崇自己都難以相信。到了宜陽(yáng)城下，本以為又可以憑借兵力，奪取城池，過(guò)上逍遙快活的日子，哪知?jiǎng)⑿憔谷粊?lái)了個(gè)甕中捉鱉。眼下赤眉軍已經(jīng)是彈盡糧絕，輜重全無(wú)，兵馬勞頓不堪，士氣斗志盡失，樊崇雖然目不識(shí)丁，卻也對(duì)時(shí)局洞若觀火，為今之計(jì)，只有投降一條道路可走，于是，樊崇便派遣劉恭前去乞降。此刻，樊崇已經(jīng)沒(méi)有了和劉秀談判的本錢，劉秀答應(yīng)饒恕他的性命，眼見大勢(shì)已去，他便同意了投降。
不日，赤眉軍的君臣都自行反綁雙手，帶著高祖劉邦傳下的璽印前來(lái)投降，光武帝下詔令把受降事宜交給城門校尉辦理。又頒布詔書，祭祀高廟，“賞賜天下繼承父親地位的長(zhǎng)子爵位，每人加封一級(jí)”。
二月己末日，光武帝劉秀到高祖神廟祭祀，接受傳國(guó)印璽。歷時(shí)數(shù)年，劉秀終于平定了赤眉軍，獲取和穩(wěn)固了河?xùn)|和關(guān)中地區(qū)，天下一統(tǒng)指日可待。