桓玄金蟬脫殼，臨陣脫逃，去往江陵避難。荊州刺史桓石康深受桓玄寵信，見桓玄一伙兒來投靠自己，慌忙于城南搭起帳篷，暫設百官，還以卞范之為尚書仆射?；感突甘狄黄穑摵想p方的人馬，重整旗鼓，短時間就收羅了數萬人馬。
桓玄跑了，但桓氏人多勢眾，以桓玄為代表的勢力隨時都有可能興風作浪。劉裕不敢怠慢，讓劉毅、何無忌、劉道規(guī)、下邳太守孟懷玉等率眾尾隨乘勝追殺桓玄。
五月中旬，雙方在一個叫崢嶸洲的地方遭遇。冠軍將軍劉毅等兵馬才不滿萬人，眾寡懸殊，大家都有點害怕，想要退回駐地潯陽。
振武將軍劉道規(guī)大聲說：“桓玄是個外強中干的人，現在剛打了敗仗，士氣低落，我們不必害怕。官渡之戰(zhàn)曹操就是用少數人戰(zhàn)勝了袁紹的多數人，人數多少不是關鍵，狹路相逢勇者勝！”說完，劉道規(guī)指揮本部人馬朝桓玄所在的戰(zhàn)船猛沖過去，劉毅等人看到劉道規(guī)率先沖入，來不及多想，也都揮軍跟進。
桓玄是個性格軟弱，遇事游移不定的人，還沒開打就盤算著一旦失敗，自己如何脫逃。他在自己的戰(zhàn)艦旁邊系著一艘快艇，隨時準備脫逃。將士看到主帥如此，個個無心戀戰(zhàn)。
正在這時，起了大風。劉毅等人趁著風勢，放火焚燒對方的戰(zhàn)船，桓玄人馬亂作一團，相互踩踏死傷無數。劉道規(guī)帶領將士個個奮勇殺敵?；赋能婈牬髷 ；感铝畎褞Р蛔叩妮w重統(tǒng)統(tǒng)燒掉，然后趁著夜色掩護，匆匆往西逃走。
劉懷肅經劉裕推薦最初任劉牢之的兒子劉敬宣的司馬，在東征孫恩時立下戰(zhàn)功，被任命為費縣縣令。他得知劉裕在京口起兵的消息，就棄去縣令之職投奔劉裕。占領建康后，振武將軍劉道規(guī)奉命追討桓玄，用劉懷肅做他的司馬。
劉道規(guī)出征時，劉懷肅負責留守潯陽。在雙方交戰(zhàn)時，桓玄手下劉統(tǒng)、馮稚等帶領四百人趁虛而入，攻破了潯陽城。劉懷肅臨危不亂，手執(zhí)長矛，一馬當先，帶人奮起反抗，把來犯之敵都消滅了個一干二凈，保障了劉毅軍團的后防穩(wěn)固。
桓玄逃跑時，還沒忘了挾持被廢的皇帝司馬德宗。由于快艇運力有限，便把永安何皇后（司馬聃的皇后）及王皇后（司馬德宗的皇后）都留在了巴陵（湖南岳陽）。
但桓玄慌亂之際，沒忘記把殷仲文也叫上船，要和他一起走。殷仲文說：“我是不是應該乘另一艘船再拉些走散的人員為好？”桓玄答應了。誰知殷仲文卻帶著兩位皇后奔夏口方向去了。
這個殷仲文曾經做過司馬道子的參軍，做過司馬元顯的長史，是大將軍桓溫的女婿，桓玄的姐夫。在桓玄沒占領建康時，他做新安太守，和桓玄關系一般?？粗感鰮u直上了，才投奔他?；感浅８吲d，讓他做諮議參軍。對他比王謐還親近，比卞范之還禮遇，后來又讓他做侍中，領左衛(wèi)將軍，就連桓玄加九錫的文告也是他撰寫的。而他卻恃寵而驕，貪污受賄，家累千金，吃穿用度無比奢華，養(yǎng)了數十房伎妾，每天鶯歌燕舞，通宵達旦，醉生夢死。而今在生死存亡的關鍵時刻，他卻背叛了桓玄，領著皇室家眷邀功領賞去了。
不久，桓玄的船入江陵（荊州）。鎮(zhèn)東將軍馮該說：“劉毅兵少將寡，不足為懼，剛剛打了勝仗一定志得意滿。我們應該重整旗鼓，再打回去，他一定猝不及防，必敗無疑。”
桓玄被嚇壞了，什么話都聽不進去。他要離開這幫亡命徒，想要奔漢中，投奔梁洲刺史桓希。但大家對他已經失望至極，無心跟他長途跋涉再遭罪了。
屯騎校尉毛修之，是毛璩弟弟的兒子，看這情況說道：“漢中路途遙遠，又不能坐船，不如去蜀地?！边@話桓玄聽進去了。
碰巧是毛璩的弟弟寧州刺史毛璠死了。毛璩派他哥哥的孫子毛祐之及參軍費恬率數百人，送毛璠的靈柩回江陵，與桓玄在枚回洲相遇的。一看是桓玄的戰(zhàn)船，毛祐之、費恬二話沒說，即刻下令弓箭手放箭?；感欐缘亩∠善凇⑷f蓋急忙以身體遮蔽桓玄，都被射成了馬蜂窩?；感搨麕Ъ幼?。
半路又被益州督護馮遷攔住去路。馮遷抽刀逼近，要殺桓玄，桓玄大喝道：“大膽狂徒，竟敢弒殺天子？！”說著拔下頭上固定發(fā)髻的玉導遞給他，求他放自己一馬。
馮遷哈哈一笑說：“哪里是什么天子？！最多是個欺世盜名竊取皇權的小偷罷了?！庇谑鞘痔岬堵鋽鼗感氖准墸@一年桓玄才36歲?；甘档仁乃雷冯S桓玄的將領也被殺死。
擺脫了桓玄的控制，司馬德宗被荊州別駕王康產安置到南郡郡府官舍，太守王騰之率文武官員擔任侍衛(wèi)。皇帝司馬德宗時隔五個月又在江陵復辟了。
司馬德宗從396年11月繼位，皇權旁落，受司馬道子父子挾制。
397年，兗州刺史王恭和豫州刺史庾楷因對尚書左仆射王國寶等不滿而領兵造反。398年，王恭、庾楷協(xié)同荊州刺史殷仲堪、廣州刺史桓玄等再次謀反。接下來就是持續(xù)多年的五斗米道孫恩起義。
402年，桓玄自江陵起兵攻入建康，廢殺司馬道子、元顯父子，自封為丞相、太尉。從此成為東晉的統(tǒng)治者。最后于404年1月篡位稱帝，把自己降為平固王，打發(fā)到潯陽?？梢哉f沒過上一天安生日子。直到6月，桓玄被殺，自己又糊里糊涂復了位。這一切的一切都是因為自己傻，傻得貴為皇帝卻不能主宰自己的命運。
毛修之因為勸說桓玄入蜀有功，被封為驍騎將軍?；感膬鹤硬虐藲q，被押回江陵處斬。除桓家人外，所有被“脅迫”參加了桓楚偽政權的各級官員一律赦免。
同時桓玄的人頭被送給正在西進的劉毅，劉毅將它驗明正身后送往建康，懸掛在朱雀橋上示眾。短暫的桓楚王朝貌似結束了。