402年桓玄篡位，皇族人人自危，司馬休之?dāng)y帶子侄奔投南燕避難。
兩年后，劉敬宣、高雅之、司馬休之準(zhǔn)備謀殺收留自己的年邁的南燕主慕容備德，密謀敗露，逃亡回國(guó)，被安置在軍界任職。劉毅死后，劉裕讓他補(bǔ)缺，出任荊州刺史。
司馬休之的大兒子司馬文思接替了司馬尚的爵位，本應(yīng)過一種養(yǎng)尊處優(yōu)的生活。但是他生性殘暴，在天子腳下胡作非為，根本不把朝廷綱常法紀(jì)放在眼里。每天受到他傷害的人在衙門外排著長(zhǎng)隊(duì)告他的狀。官員受理后傳喚司馬文思，他一時(shí)性起帶了幾個(gè)人沖進(jìn)衙門把管事的官吏也殺死了。
劉裕貧苦人出身，深知百姓的疾苦。一直對(duì)作威作福魚肉鄉(xiāng)里的人深惡痛絕。獲悉此事，勃然大怒，就立刻派兵將行兇作惡者一網(wǎng)打盡，把司馬文思的“譙敬王”爵位拿掉，廢為庶人，還將他送到荊州，交給他父親司馬休之處理。
司馬文思平日里，肆意草菅人命、踐踏莊稼、沖擊衙門、擅殺官吏觸犯任何一條都是死罪?？墒撬抉R休之舐犢情深，自認(rèn)皇族高人一等，視普通百姓如草芥，不深究?jī)鹤拥淖飷盒袕?，只是輕描淡寫地上表，請(qǐng)求廢除他兒子司馬文思的爵位，并給劉裕寫了一封簡(jiǎn)單的道歉信。
信上是這樣說的：“劉太尉在上：獲悉我兒騷擾鄉(xiāng)民，不服管教，深感慚愧。只是錯(cuò)已經(jīng)鑄成，回天無力。為了平復(fù)民怨，特請(qǐng)?jiān)S削去我兒爵位，廢為庶人?；蛘甙盐业墓俾毭獾舳伎梢?。司馬休之將感激不盡。即日?！?p> 司馬休之漠視國(guó)法，不顧百姓死活，縱容包庇兒子的行為，令劉裕非常憤慨，他把司馬休之的來信狠狠地仍在地上，說：“這事不能就這么算了！”
415年，劉裕勒令司馬休之在建業(yè)的次子司馬文寶與侄兒司馬文祖自殺，隨即率兵討伐司馬休之。
司馬休之聞?dòng)崳媳韽椲绖⒃＃骸氨菹氯莘A：劉裕居功自傲，目無法紀(jì)，欺君罔上，無事生非，小題大做，無辜奪我兒和侄兒兩條性命。這是對(duì)司馬家族的挑釁，是對(duì)皇權(quán)的侮辱。忽聞孩兒死訊，我痛心疾首，痛不欲生，是可忍孰不可忍？！我豈是貪生怕死之輩，不與劉裕老兒拼個(gè)你死我活，誓不為人！”
司馬休之不敢含糊，厲兵秣馬準(zhǔn)備迎敵，并派出使者前往后秦、北魏搬救兵。
與此同時(shí)，劉裕為了拉攏司馬休之的治中韓延之，派人秘密給他送去一封勸降書，大意是說：“司馬文思犯下的罪行，你大概也知道了。我這次奉命西征，目標(biāo)只是司馬氏父子而已。你們一干人等在他們手下做事，是人在江湖身不由己，司馬父子所犯的罪和你們沒有關(guān)系，非常期待你們能棄暗投明。我的大隊(duì)人馬就要到了，真打起來，刀槍無眼。我的意思你明白吧？你可以把我的意思告訴和你一伙的人?！?p> 韓延之馬上回信說：“你興師動(dòng)眾帶兵前來，可把我們嚇壞了。見了你的來信，我感慨良多。在我看來司馬休之忠心愛國(guó)，待人處事寬懷誠(chéng)懇，他有什么錯(cuò)？因?yàn)槟懔⑦^匡復(fù)朝廷的大功，大家都看你的臉色行事。司馬文思即使犯了錯(cuò)，司馬休之已經(jīng)上表奏請(qǐng)撤銷他的爵位，只求你留他一條命，這過份嗎？這是人之常情??！但是你卻因此興師問罪，背后到底什么險(xiǎn)惡居心？諸葛長(zhǎng)民是你的摯友，你先用甜言蜜語(yǔ)穩(wěn)住他，然后殺死了他，真是太可恥了！我不會(huì)上你的當(dāng)，最多不過一死而已！”劉裕沒見過這么直白有性格的人，他把信拿給手下看，說：“看看司馬休之的左右，黑白不分冥頑不化到了什么地步！司馬休之背后有一種勢(shì)力令人擔(dān)憂。”
太尉劉裕使參軍檀道濟(jì)、朱超石帶步兵騎兵出襄陽(yáng)向荊州進(jìn)發(fā)。江夏太守劉虔之帶兵準(zhǔn)備了糧食迎接他們，結(jié)果被魯軌襲擊致死。
劉裕命女婿徐逵之帶兵一萬為前鋒，配以精良裝備，偕參軍蒯恩、王允之、沈淵子等出江夏口，與竟陵太守魯軌交戰(zhàn)，僅蒯恩抵住了魯軌的進(jìn)攻，其余都陣亡了。連折幾員大將，可是把劉裕氣壞了。
雍州刺史魯宗之對(duì)劉裕一手遮天也很反感，從襄陽(yáng)率部出發(fā)，前往與司馬休之軍匯合，共同屯兵于江陵。司馬休之命司馬文思及魯宗之子魯軌帶領(lǐng)軍打前鋒。
劉裕從馬頭岸渡江，魯軌及司馬文思率四萬荊州府軍沿著江邊懸崖布防，江津岸十分陡峭，有數(shù)十丈高，渡江的劉裕軍根本無法登岸。
劉裕命令建武將軍胡籓率軍攀爬上去，胡籓面露難色，劉裕盛怒之下要軍法從事。胡籓對(duì)劉裕說：“來回是個(gè)死，還是死在陣地上算了！”胡藩用刀在崖上鑿出了一些小坑，慢慢爬了上去。
胡藩登頂后就與一些跟他上來的士兵發(fā)起拼死攻擊，司馬文思等人沒見過這陣勢(shì)，急忙往后退。胡藩乘勢(shì)發(fā)起進(jìn)攻，司馬文思軍紛紛潰散，劉裕軍于是攻占江陵。司馬休之、魯宗之等向北逃竄。
四月，劉敬宣的參軍司馬道賜聽說劉裕進(jìn)攻司馬休之，便與同府的小將王猛子密謀刺殺劉敬宣，意圖占據(jù)廣固來響應(yīng)司馬休之。王猛子伺機(jī)砍殺了劉敬宣，然后投奔司馬休之去了。
五月，閬中侯趙倫之、太尉參軍沈林子攻破魯軌守軍，魯軌棄城向北逃去。途中遇上司馬休之、魯宗之趕來的援軍，于是和他們一起北撤到襄陽(yáng)。
可到了襄陽(yáng)城下，魯宗之的參軍李應(yīng)之卻不讓他們進(jìn)城，后面是蒯恩的追兵。司馬休之等人只好投奔后秦去了。
司馬休之是司馬家族的中流砥柱，也是劉裕潛在的政敵，司馬休之因?yàn)樘蛔o(hù)兒子，和劉裕水火不容，又一次踏上了流亡之路。
當(dāng)年5月，劉裕劍履上殿、入朝不趨，贊拜不名！這一年劉裕五十二歲。