BJ失陷后，史可法等人在南京擁立福王朱由崧，建立弘光政權(quán)。弘光帝死后，魯王朱以海于浙江紹興監(jiān)國;而唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，于福建福州稱帝，即隆武帝。而兩個南明政權(quán)為爭奪正統(tǒng)地位互相攻伐。1646年，清軍攻占浙江與福建，魯王逃亡海外，隆武帝于汀州逃往江西時被俘，絕食殉國，鄭芝龍向清軍投降。朱聿鍵之弟朱聿鐭在廣州受蘇觀生及顧元鏡擁立，即紹武帝，于同年年底被清將李成棟攻滅。同時間桂王朱由榔于廣東肇慶稱帝，即永歷帝。
1646年，永歷政權(quán)獲得瞿式耜、張獻(xiàn)忠余部李定國、孫可望等勢力以及福建鄭成功勢力的支持下展開反攻。同時各地降清的原明軍將領(lǐng)先后反正，一時之間南明收服華南各省。然而于同年，清將尚可喜率軍再度入侵，先后占領(lǐng)湖南、廣東等地。兩年后，李定國、孫可望與鄭成功發(fā)動第二次反攻，其中鄭成功一度包圍南京，但最后因內(nèi)部孫可望叛變及反清勢力鞭長莫及與之間的貌合神離最終導(dǎo)致節(jié)節(jié)敗退。1651年，舟山群島淪陷后，魯王朱以海在張名振、張煌言陪同下，赴廈門投奔鄭成功，不久病死在金門。
1661年清軍三路攻入云南，永歷帝流亡緬甸首都曼德勒，被緬甸王莽達(dá)收留。后吳三桂攻入緬甸，莽達(dá)之弟莽白乘機發(fā)動政變，殺死其兄后于8月12日發(fā)動咒水之難，殺盡朱由榔侍從近衛(wèi)，朱由榔最后被吳三桂所殺，南明亡。
李自成余部在湖南抗清失敗后，轉(zhuǎn)移到川、鄂山區(qū)進(jìn)行活動，在夔州府以東地區(qū)繼續(xù)抗清，稱為夔東十三家軍。 1662年清軍開始攻打，到1664年首領(lǐng)李來亨被殺而亡。
鄭成功在南京之戰(zhàn)失敗后退回金廈，于1661年率軍攻占荷蘭占據(jù)的臺灣，定都東寧。其子鄭經(jīng)曾參與三藩之亂，率軍參與反攻失利。
1683年，康熙帝命施瑯進(jìn)攻明鄭。施瑯大敗劉國軒攻克澎湖，給臺灣造成戰(zhàn)略威脅，最終鄭克塽剃發(fā)降清，明朝寧靖王朱術(shù)桂攜五妃自殺殉國，最后一股抗清勢力覆滅。